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2020年1-3月供推荐56篇单细胞领域高分文章（2020年一季度·单细胞文献速递56篇）
序号：2020-119
编者按：
SRT技术为我们提供了一个全新的认识细胞的角度——从转录因子结合位点（TFBS）来解读细胞异质性以及细胞状态转变。
自报告转座子（SRT）可以同时读取单细胞中的基因表达和转录因子结合的信息
【文献类别】技术方法-自报告转座子
【发表期刊】Cell
【影响因子】 38.6
【发表时间】2020-07-18
【PMID】32710817
【文章摘要】细胞的异质性混淆了转录因子（TF）结合的原位测定。单细胞RNA测序是通过基因表达对细胞类型进行分解归类，但却没有任何技术能将细胞类型与其转录因子结合位点联系在一起。因此，研究人员提出了一种全新的技术——将自报告转座子（self-reporting transposons, SRTs）作为单细胞名片（scCC），可同时检测单细胞中的基因表达以及绘制转录因子结合位点（TFBS）。他们首先从mRNA中获取SRTs的基因组位置，并利用SRTs会与外源TF-转座酶进行融合并沉淀这一特性来定位TFBS。紧接着，研究人员介绍了scCC，它可以从scRNA-seq库中定位SRTs，并由此在同一批细胞中同时识别细胞类型和TFBS。研究人员还利用此技术对多个TF进行了基准测试。接下来他们利用scCC发现了K562细胞中由BRD4介导的细胞状态转变。最后，研究人员使用scCC技术在单细胞分辨率上绘制了小鼠皮层的BRD4结合位点的图谱，建立了原位研究TF生物学的新方式。
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