肿瘤,不仅仅是肿瘤细胞的事。肿瘤浸润免疫细胞指免疫细胞侵入肿瘤组织,通过直接杀伤或者分泌细胞因子等发挥对肿瘤细胞的调控功能,因此可以从实体瘤中分离出的浸润的免疫细胞。肿瘤中免疫细胞的浸润与临床结果以及治疗效果密切相关,并且靶向肿瘤免疫浸润细胞的药物开发对于肿瘤的治疗也有重要意义。因此,更加方便快捷地分析肿瘤组织中的浸润免疫细胞的种类比例显得尤为重要。
目前已报道的可以用于肿瘤浸润免疫细胞评分的算法包括:xCell,CIBERSORT,EPIC,TIMER,MCP-counter和DeconRNASeq等。这些算法均可以基于肿瘤组织转录组数据的免疫细胞评分,但是所分析的免疫细胞相对较少。
三言两语
1. 基于ssGSEA策略,结合已鉴定的各种免疫细胞特征基因,开发可以分析24种免疫细胞的ImmuCellAI算法并搭建了相应的网页界面;
2. 基于ImmuCellAI的免疫细胞评分,使用支持向量机算法进行肿瘤免疫检查点抑制剂治疗效果预测。
3. 基于ImmuCellAI,对TCGA表达谱和生存数据进行整合分析,构建了不同肿瘤浸润免疫细胞与生存的数据库。
链接
ImmuCellAI http://bioinfo.life.hust.edu.cn/ImmuCellAI#!/
Reference
Miao, Y. R. et al. ImmuCellAI: A Unique Method for Comprehensive T-Cell Subsets Abundance Prediction and its Application in Cancer Immunotherapy. Adv Sci (Weinh) 7, 1902880 (2020).