compare脚本

最近因为运行软件脚本丢失，所以决定以后存到网上，此脚本是比较fastq文件是否相同的行数序列相同

import gzip

from datetime import datetime

count=1

list1=[]

list2=[]

print("开始。。。。。")

print(datetime.now().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'))

f1=gzip.open("/home/huilin_hu/Arabidopsis/fastq/57.fq.gz.split/57.R1.0001.fq.gz","rb")

f2=gzip.open("/home/huilin_hu/Arabidopsis/fastq/57.fq.gz.split/57.R2.0001.fq.gz","rb")

while 1:

    line1=f1.readline()

    line2=f2.readline()

  # print(line1)

    if count%4==1:

        #print(line1)

        id1=str(line1.decode().lstrip("@").split())

        list1=(id1.replace("/1",""))

      # print(list1)

        id2=str(line2.decode().lstrip("@").split())

        list2=(id2.replace("/2",""))

        #print(list2)

        if list1==list2:

          l=list1

        #  print("第%d行内容是相同的,内容为:%s"%(count,list1))

        else:

          print("第%d行内容是不同的，内容为:%s"%(count,list1))

    count+=1

    if line1==b'':

        break

print("结束。。。。。")

print(datetime.now().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'))