刚开始写教程时，RMarkdown给我带来很大阻碍，而且排版不好，老板也看不下去，于是整理整理，这个成了我写教程时一直用的排版：
title: "系列名称--包名称(必学bioconductor包300个)+编号"
toc是方便写长文档时的导航目录：
title: "R包简介--BSgenome(必学bioconductor包300个)(1)"
author: "DongQing"
date: "2020/4/5"
output:
html_document:
toc: true
toc_float: true
对于代码块的整体设置：
knitr::opts_chunk$set(
collapse = TRUE,
comment = "#>"
)
knitr::opts_chunk$set(fig.width = 6, collapse = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(warning = F)
knitr::opts_chunk$set(message = F)
---
title: "xxxx"
author: "xxx"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
%\VignetteIndexEntry{Vignette Title}
%\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
%\VignetteEncoding{UTF-8}
---
```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
collapse = TRUE,
comment = "#>"
)
knitr::opts_chunk$set(fig.width = 7, fig.height = 5,collapse = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(message = FALSE)
又看到更新了~~~
title: "xxxx"
author: "xxx"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output:
html_document:
highlight: haddock
toc: yes
toc_depth: 6
toc_float: yes
如果这部分代码不想运行，那些运行特别耗时间的记得在教程中提醒：
{r eval=FALSE}
如果分节，
第一节开头：是总括和简介，一般已经写好，直接copy-paste；
第一节结尾：小结：本节介绍了包的基本和主要的用法，如xxx包比较重要和常用的内容就讲解完成了，还有补充内容请见第（2）部分~
第二节开头：我们在R包简介--xxx包(必学bioconductor包300个)(1)中介绍了xxxx基础操作，接下来介绍xxxxx的用法。
第二节结尾： xxx的用法和实例已经讲解完了，生物信息学论坛上都在讨论的热点问题，请见第（3）部分~
第三节开头：xxx包总结来说，用法要掌握xxx。
最后一定要附上会话文件
sessionInfo() # 查看编译此文档的系统上的输出
