写教程常用的RMarkdown设置

刚开始写教程时，RMarkdown给我带来很大阻碍，而且排版不好，老板也看不下去，于是整理整理，这个成了我写教程时一直用的排版：

title: "系列名称--包名称(必学bioconductor包300个)+编号"
toc是方便写长文档时的导航目录：

title: "R包简介--BSgenome(必学bioconductor包300个)(1)" 
author: "DongQing"
date: "2020/4/5"
output: 
  html_document:
    toc: true
    toc_float: true

对于代码块的整体设置：

knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
)
knitr::opts_chunk$set(fig.width = 6, collapse = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(warning = F)
knitr::opts_chunk$set(message  = F)

---
title: "xxxx"
author: "xxx"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Vignette Title}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
)
knitr::opts_chunk$set(fig.width = 7, fig.height = 5,collapse = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(message = FALSE)

又看到更新了~~~

title: "xxxx"
author: "xxx"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output: 
  html_document: 
    highlight: haddock
    toc: yes
    toc_depth: 6
    toc_float: yes

如果这部分代码不想运行，那些运行特别耗时间的记得在教程中提醒：

{r eval=FALSE}

如果分节，
第一节开头：是总括和简介，一般已经写好，直接copy-paste；
第一节结尾：小结：本节介绍了包的基本和主要的用法，如xxx包比较重要和常用的内容就讲解完成了，还有补充内容请见第（2）部分~
第二节开头：我们在R包简介--xxx包(必学bioconductor包300个)(1)中介绍了xxxx基础操作，接下来介绍xxxxx的用法。
第二节结尾： xxx的用法和实例已经讲解完了，生物信息学论坛上都在讨论的热点问题，请见第（3）部分~
第三节开头：xxx包总结来说，用法要掌握xxx。

最后一定要附上会话文件

sessionInfo() # 查看编译此文档的系统上的输出

写教程常用的RMarkdown设置

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