之前miRNA结合靶基因的RNA-RNA交互只是直接机制的蜻蜓点水，从这一策正式开启直接作用机制的交互模式的详细解读，16策聚焦转录因子靶基因的 蛋白-DNA交互模式。
促进转录的蛋白叫 激活子 activator ；抑制转录的又叫抑制子 repressor
所有转录因子都包含一段DNA 结合结构域DBD，可识别和结合DNA序列。DNA带负电，20种常见aa具有结合DBD的特异性序列，带正电，正负相吸。同时形成特定的空间结构，与DNA骨架相互匹配。这种规律也是预测转录因子调控靶基因的理论基础。
几个概念，CDS，侧翼序列flanking sequence（包含启动子promoter，增强子enhancer，终止子terminator）转录调控元件。启动子包含RNA聚合酶的特异性结合序列，同时可以跟转录因子结合控制基因的转录活性。
找到启动子序列（翻译起始ATG上游至少1k，保险起见2-3k），分析启动子可以用promoterscan或promoterInspector在线工具。
转录因子靶基因经典实验：ChIP，luciferase，EMSA。
上游找机制之转录因子介绍完毕，下一次看看甲基化的思路。
