一、背景
1.在Biobase软件包中,AffyBatch类是从一个更基础的eSet类衍生来的。
2.eSet是Bioconductor为基因表达数据格式所定制的标准。
3.eSet包括ExpressionSet类、SnpSet类以及AffyBatch类等。
二、AffyBatch数据结构
cdfName、nrow、ncol、assayData、phenoData、annotation、protocolData、featureData、experimentData和.__classVersion__。
cdfName:类字符的对象,表示与AffyBatch中的数组关联的CDF文件的名称。
nrow:类整数的对象,表示数组中的物理行数。
ncol:类整数的对象,表示数组中的物理列数。
phenoData:AnnotatedDataFrame类的对象,包含样本的表型数据。
annotation:标识可用于ExpressionSet实例的注释的字符串。
protocolData:AnnotatedDataFrame类的对象,包含样本处理方法的数据。
featureData:包含特征水平(例如,探针集水平)信息的类AnnotatedDataFrame的对象。
experimentData:包含实验水平信息的“MIAME”类对象。例如实验室名字、发表的文章等等。
.__classVersion__:描述用于创建实例的R和Biobase版本号的版本类对象。供开发人员使用。
assayData:包含原始数据的类AssayData的对象,该数据至少是强度值矩阵。如果在调用ReadAffy时'sd'参数设置为TRUE,则此插槽还可以保存标准错误矩阵。
其中,它的第一个元素是矩阵类型,用于保存基因表达矩阵。当使用exprs方法时,调取的就是这个基因表达矩阵。