六个线索内在交织
该剧一共有六个个线索，交叉进行，错综复杂。
第一条线索，赤焰军蒙冤昭雪线索，这是条主线，所有的故事均围绕着这条主线进行。
第二条线索，皇子夺嫡线索，这条线索是主线的辅助线，没有这条线索，主线无法进行。
第三条线索，悬镜司制造冤案线索，这条线索是主线的原因线，一切皆因悬镜司裁撤引起的争斗。
第四条线索，內宫斗争线索，这条线索与皇子夺嫡互为对照，相得益彰，同步进行。
第五条线索，滑族复国线索，这条线索与悬镜司线索、誉王夺嫡线索穿插交织在一起，互相照应。
第六条线索，江湖武林帮派线索，此条线索与主线亦有很大关联。
皇权的内生性矛盾
皇权的至高无上的权威要求皇权的代言人皇帝必须绝对正确，显然对于一个人（皇上也是一个普通人）一生不犯错误这是不可能的，而只要犯错，就是对至高无上皇权的否定，这就形成了一个内生性的矛盾，一切王朝更替由于这个矛盾的原因而循环发生，这是不可避免的。
另外，皇权的代际转移也是一个非常大的难题，不管是嫡长子制度还是兄卒弟及，都使得权力的代际转移变得非常脆弱与凶险。
琅琊榜中赤焰军冤案的起因与皇权的极度敏感与不仔细，皇帝个人的性格特质以及其它势力的因素，使皇帝下定决心灭了七万赤焰军，冤案就此铸成，又因为至高无上的皇权不能被否定，所以皇上死不承认，拒不改错，这是该剧的核心矛盾与发展线索。
价值观的胜利
1.天下观念
剧种林殊说，天下是全体人的天下，而不是皇帝一人的天下，这个价值观显然是不符合当时人们对天下概念的理解与使用，但剧中人物说出这样的话，反映出主创者的价值观高度，这样的观念还是非常符合历史文明发展方向的。
2.正义观念
为冤死的英魂平反昭雪，皇帝有错就要改，正义可能会迟到，但是一定不会缺席，所有的人都应当有基本的良知，每个人为国分忧，为全体民众谋利益，这样的价值观，正能量满满，看的让人精神振奋，情不能已。的确是一部优秀的电视剧。
结构设计合理
该剧在戏剧结构、戏剧冲突的设计上很有艺术造诣，结构紧凑，戏剧冲突的节奏把握的很好，基本上每10分钟出现一个戏剧冲突，并且这些戏剧冲突都有内在的关联和逻辑，合理性强，剧情发展符合逻辑，几乎全程无尿点。
