centos系统生信服务器搭建流程一

今天来谈下我的生信服务器搭建,总结出一套流程。避免循环反复问题。

当你装好了centos版本系统后,当然你也可以走ubuntu的linux版本。后面的流程如果有不同意见,请大家批评指正。centos系统安装在这就不在写了,网上一大把,建议装最新版本的。

首先进入了系统,我认为第一个事情要做的就是搭建最新版本的GCC编译器。因为后续要安装的都需要编译,如果你下载的包或软件是二进制的话,可以不用编译。代码如下:

# 安装环境依赖

yum install glibc-headers gcc-c++ gcc gmp gmp-devel mpfr mpfr-devel libmpc libmpc-devel

#下载新版本gcc    我选的是gcc12.2.0

wget http://mirror.hust.edu.cn/gnu/gcc/gcc-9.3.0/gcc-12.2.0.tar.gz

tar -zxvf gcc-12.2.0.tar.gz

cd gcc-12.2.0

./contrib/download_prerequisites  #下载依赖包

mkdir build  #创建文件夹

cd build

../configure --prefix=/usr/local/gcc-12.2.0/ --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib    #configure –help输出详细的选项列表。其中--prefix选项是配置安装的路径。你也可以不配置

make&make install #编译和安装  这一步时间等的有些长,建议不要在SSH下执行,我后面在服务器上直接执行。

#删除旧版本gcc

yum remove gcc

#.将新版本的gcc加入命令搜索路径中:

ln -s /usr/local/gcc-12.2.0/bin/gcc  /usr/bin/gcc

ln -s /usr/local/gcc-12.2.0/bin/g++  /usr/bin/g++

然后就是加入环境变量,有三种方法,注意,我们加入系统的吧

vim /etc/profile  # 打开文件,加入以下代码:

# gcc

LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gcc-12.2.0/lib

#export LD_LIBRARY_PATH

#然后要退出,执行生效

source /etc/profile

#最后我要更新库文件 更换libstdc++.so.6

cp /usr/local/gcc-12.2.0/lib64/libstdc++.so.6.0.30 /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.30

rm -f /usr/lib64/libstdc++.so.6

ln -s /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.30 /usr/lib64/libstdc++.so.6

下面开始安装最新版本的R 安装方法见:https://www.jianshu.com/p/533486c412e3

但是发现了装了R后,gcc依耐安装问题,还是回到了旧版本。

好,我在这里把他强制替换吧,希望系统不要奔溃,gcc真搞死人,

ln -sf /usr/local/gcc-12.2.0/bin/gcc /usr/bin/gcc

ln -sf /usr/local/gcc-12.2.0/bin/g++  /usr/bin/g++

这时通常会报错没有libgforran库文件 ,我们安装然后指向他就行

yum install libgfortran5

ln -s /usr/lib64/libgfortran.so.5 /usr/lib/libgfortran.so

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