我们通常建议将微阵列平台上的所有探针进行标准化处理。
对于下游分析，通常需要删除那些看起来在任何实验条件下都不表达的探针。这被称为过滤。我们一般建议在线性建模和经验贝叶斯步骤之前完成，但要在标准化步骤之后。
有许多方法可以进行过滤。一种方法是保留在至少n个阵列上表达值超过背景值的探针，其中n是分配给任何实验组合的最小重复数。参见limma用户指南第15.3或15.4节的案例分析。
请注意，不应使用涉及方差的过滤方法。limma算法分析基因方差的扩散。任何基于基因方差的过滤方法都会导致方差分布发生变化，从而干扰limma算法，因此会给出较差的结果。
