1、对于otu或ASV抽平,如果用到
rarefy_even_depth 函数,因涉及随机算法,除了在脚本中setseed外 还要确保输入文件一模一样,即使数据一样顺序不同也不行;
2、lefse计算LDA时(LEfSe 1.1.01),lefse_run.py 调用的 test_lda_r函数也涉及随机算法(因为它需要进行bootstrap重采样来评估线性判别分析(LDA)模型的稳定性和可靠性。在bootstrap重采样中,从原始数据集中随机抽取一定数量的样本构成一个新的数据集,然后通过对这些新的数据集进行建模来评估模型的表现。这个过程可以帮助减少对原始数据集的偏差,提高模型泛化能力。同时,脚本中也使用了正态分布随机数生成函数normalvariate来对特征进行扰动,以增加样本的多样性,从而提高模型的鲁棒性),这个函数设置seed是无效的,目前没有办法解决;
16S 随机数产生随机结果的问题处理
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