2019-01-29 课题设计总结关于circ及micro

上游分子的查找

上游分子的思路,总体为以miRNA为桥梁,
由mRNA向上寻找能特异性调控的miRNA,可以用targetscan预测。
由最上游的Lnc或者circRNA向下预测miRNA,circRNA的网站为
https://circinteractome.nia.nih.gov/miRNA_Target_Sites/mirna_target_sites.html

例如

如果DDX11为促癌基因,向上游寻找miRNA时应该寻找tumor中低的miRNA,再上游的Lnc和circRNA则也应该高表达。总的来说miRNA与mRNA相互拮抗,Lnc和circ抑制miRNA。
先targetscan 找到mRNA上的miRNA
(可以通过GEO数据库查询,看他发了文章没有)文章中找lnc或者circ表达符合预期者,向下与预测,取其交集。
寻找microTCGA数据库,验证其生存,表达差异,确定其是否符合预期。

拓展:

在GEO数据库中,micro如果可以和一些临床信息相关,比如淋巴结转移,复发等会比较好。

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