title: R 学习
author: ct
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Rstudio基础
R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库，是学习生物信息分析的必备语言之一。
Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一，支持纯R脚本、Rmarkdown (脚本文档混排)、Bookdown (脚本文档混排成书)、Shiny (交互式网络应用)等。
Rstudio版本
Rsdutio分为桌面版和服务器版，桌面版可以在单机使用，服务器版可以从浏览器访问供多人使用。
服务器版安装好之后，访问地址为<服务器IP:8787>，用户名和密码为Linux用户的用户名和密码。
Rstudio安装
R安装
Linux下安装
Rstudio安装前需要安装R，如果使用的是新版的操作系统。直接可以用sudo apt-get installl r-base 或者yum install r-base来安装。
若系统版本老，或没有根用户权限，则需要下载编译源码安装，最新地址为https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.0.tar.gz。
具体编译方式为 (Linux下软件安装见 http://blog.genesino.com/2016/06/bash1):
# --enable-R-shlib 需要设置，使得其他程序包括Rstudio可以使用R的动态库
# --prefix指定软件安装目录，需使用绝对路径
./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib
# 也可以使用这个命令，共享系统的blas库，提高运输速度
#./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack
make
make install
Windows下安装
下载https://cran.r-project.org/bin/windows/双击就可以了。
Rstudio安装
Linux下安装服务器版
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安装参考 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm sudo yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm -
安装完之后的检测、启动和配置
sudo rstudio-server verify-installation #查看是否安装正确 sudo rstudio-server start ## 启动 sudo rstudio-server status ## 查看状态 sudo rstudio-server stop ## 停止 ifconfig | grep 'inet addr' ## 查看服务端ip地址 sudo rstudio-server start ## 修改配置文件后重启 sudo rstudio-server active-sessions ## 列出活跃的sessions: sudo rstudio-server suspend-session <pid> ## 暂停session sudo rstudio-server suspend-all ##暂停所有session Rstudio日志目录，方便查看错误信息：/var/log/rstudio-server/
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配置文件：
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/etc/rstudio/rserver.conf
www-port=8787 (default) www-address=0.0.0.0 (default) rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someapp/lib rsession-which-r=/usr/local/bin/R -
/etc/rstudio/rsession.conf
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Timeout
[user] session-timeout-minutes=30 [@powerusers] session-timeout-minutes=0
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Windows下安装桌面版
下载之后 (https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/)双击安装，需要使用管理员权限，其它无需要注意的。
Rstudio 使用
Windows下桌面版直接双击打开即可使用，Linux服务器版访问地址为<服务器IP:8787>，用户名和密码为Linux用户的用户名和密码。
Rstudio 界面
Rstudio中新建或打开文件
如果是桌面版，直接就可以访问"我的电脑"去打开之前写过的脚本。如果是服务器版，可直接访问服务器上写过的脚本。Rstudio右下1/4部分可以切换目录，点击more，设置工作目录。可以上传本地的脚本到对应目录打开。
Rstudio还有其它的功能，不过这些对我们初学使用已经足够了。后续会根据需要推出基于ggplot2作图的R入门介绍。
