概念
启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。初步分析时，一般选择上游2 kb，下游 500 nt，也有选上下游各1 kb的。获取正链或负链的启动子序列时要注意方向。
转录起始点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。
UTR（Untranslated Regions)：即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子编码区(CDS)两端的非编码片段。 5’-UTR从mRNA起点延伸至AUG起始密码子，3’-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端。
启动子预测
概述
生物化学与分子生物学—人卫8版
用启动子数据库和启动子预测算法定义启动子
启动子通常涉及基因的上游区域，含有调控基因适度活化或者抑制的信息，因此，在定义启动子或预测分析启动子结构时应该包括启动子区域的3个部分：
- 核心启动子
- 近端启动子：含有几个调控元件的区域，其范围一般涉及TSS上游几百个碱基
- 远端启动子：范围涉及TSS上游几千个碱基，含有增强子和沉默子等元件
预测启动子的其他结构特征
启动子区域的其他结构特征包括GC含量，CpG比率，转录因子结合位点，碱基组成及核心启动子元件等。
大约70%以上哺乳动物5‘-区都含有CpG岛，常与启动子序列重叠或者交叉覆盖，故可用于鉴定启动子。也可根据始祖启动子和mRNA转录本之间的相似性鉴定启动子。
数据库——预测启动子
EPD(eukaryotic promoter databases)：主要预测真核RNA聚合酶Ⅱ型启动子
TRRD(transcription regulatory databases)：转录调控区数据库
查找启动子区域
NCBI
打开PubMed：
选择Gene，输入IL17A，点击search；选择对应种属的基因，进入详细页
下拉到下图位置，可以看到该基因的以下信息
注意查看该基因上游几千kb有无其他基因
image
- 点击Tools，选择Sequence Text View：可以查看到基因序列的信息，比如5‘-UTR、CDS、intron、3’-UTR的分布。
image
- 以上只是该基因的一些信息，可以用于查找相应的UTR等区域，下面进入正题，寻找promoter区域。还是拉到如下图位置，点击FASTA：
image
- 一般认为基因上游2 kb-5kb区域为该基因的promoter区域，所以将基因上游序列调出来：
image
UCSC
- 打开UCSC，点击Table Browser：
2.首先进入UCSC genome browser 查看目的基因上游5kb范围内有无其他基因，如果无就选择上游2kb左右序列即可。
