序列下载与整理
下载fasta格式序列
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输入你想查找的序列，比如Syp基因
可以点击图片来查看高清图
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进入基因详细信息页面
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点击Genbank
如图所示可以下载到fasta格式的序列，注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列
如果你有一定的Python编程基础，可以查看这篇文章来批量下载大量基因序列：生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献
- 假如你希望得到promoter的基因，可以在如图所示的位置输入起始位点和终止位点
- 一般promoter的位点不确定，可以通过将起始位点左右2kb基因视为promoter
- 比如：如图起始位点为7638580，那么起始位点要减500，终止位点加1499，这时需要在from输入7638080，to输入7640079（得到长度为2kb的序列）
- 点击
Update view按钮 -
然后和同上一步下载fasta序列
合并多个fasta文件
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下载多个序列后，我们将下载的序列整理到特定文件夹下，比如
D:\Download\fasta_files，就像这样：
mark -
你的
fasta_files文件夹里应该是这样的
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返回
D:\Download路径下，在文件夹空白地方Shift+右键，点击在此处打开命令窗口
输入
type fasta_files\*.fasta > all_sequence.fasta
mark -
现在，在你的文件夹下应该类似这样的：
mark -
得到整合文件 all_sequence.fasta（这个文件也可以通过记事本打开，下面软件为UE）
多序列比对
Clustalw，Clustalx 与 MEGA的下载安装
Clustalw 下载链接：http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-win.msi
Clustalx 下载链接：http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.1-win.msi
MEGA 下载链接：http://www.megasoftware.net/releases/MEGA7.0.26_win64_setup.exe
序列比对
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打开MEGA，进入序列比对分析
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载入fasta序列
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使用Clustalw 比对序列，参数默认点OK
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跑出来的结果需要编辑第一列只留下物种名，序列去掉5',3'端的空序列（因为要比对序列同源性，最好把显示
-的序列去掉，使多序列的两端整齐，类似矩阵）
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导出fasta格式和MEGA格式两种格式
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打开Clustalx 加载刚刚比对完的fasta格式（注意是比对完的，文件后缀名为.fas）
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导出可视化文件，参数默认点OK
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得到可视化的多序列比对结果，打开类似这样（打开用到的软件为Adobe Acrobat）
进化树分析
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打开MEGA，载入meg文件
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参数设置（这里是核酸序列）
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得到进化树
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导出与美化
保守位点分析
- 输入网址
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上传fasta序列（这里的序列是整合后的文件，文件后缀.fasta）,并输入参数（这里设置motif为10）
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得到保守位点分析结果
