conda install gffread
gffread test.gff3 -g genome.fa -x cds.fa -y protein.fa
根据基因组gff文件提取cds以及翻译成蛋白序列
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。
推荐阅读更多精彩内容
- cds文件:注释信息里的蛋白编码序列pep文件:cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时,有的并没...
- cds文件:注释信息里的蛋白编码序列pep文件:cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时,有的并没...
- Ref | 根据基因组 fa 文件和 gff 文件提取 cds 并翻译成 pep[https://www.jian...
- GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上,可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代,又开发了GS...