一：细菌基因组下载
- 上Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号**
这里找了一篇文章：
https://mra.asm.org/content/7/18/e01118-18 -
点击一篇文章，查看SRR序列
- 查看一下大小
二：下载序列
prefetch SRR7774037
三：解压
fastq-dump --gzip --split-files SRR7774037.sra
四：fastqc 质量评价
fastqc SRR7774037_1.fastq.gz
五：Trimmomatic去接头
mkdir trim_out
java -jar ~/Downloads/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar SE 4 -phred33 SRR7774037_1.fastq.gz ./trim_out/output.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/xiaoming/Downloads/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-SE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:4:15 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36
六：SPAdes组装基因组
七：quast评价
八：下载report.html
选择了单端测序，不会后面的基因组组装
