可视化Visualization
Convert bam to BigWig
1. bam to bedGraph：bedGraph存放区间的坐标轴信息和相关评分的文件，一共包含四列：chromA, chromStartA, chromEndA, dataValue；
介绍用法:
bedtools genomecov [OPTIONS] [-i|-ibam] -g (iff. -i and not -ibam)
或者
genomeCoverageBed [OPTIONS] -ibam <bam>
可参考：genomecov — bedtools 2.30.0 documentation
开始啦~
bedtools genomecov -bg -ibam SRR13764806.bam | bedtools sort -i stdin > SRR13764806.bedgraph
-bg：Report depth in BedGraph format；
-ibam：The input file is in BAM format.（Note: BAM must be sorted by position）
用循环输出为bedgraph
vim bedgraph.sh
#!/bin/bash
for i in 807 809 810 811 812 813 817
do
bedtools genomecov -bg -ibam SRR13764${i}.bam | bedtools sort -i stdin > SRR13764${i}.bedgraph
done
qsub -N bedgraph -cwd bedgraph.sh
#提交命令
2. bedgraph to BigWig
BigWig格式对于密集、连续的数据非常有用，这些数据将在基因组浏览器中显示为图形。对于bigwig格式，UCSC只接受URL链接，不能直接上传文件。
wget https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/bigZips/hg19.chrom.sizes
下载hg19.chrom.sizes 文件，总共有两列，tab分割，第一列是染色体名称chr，第二列是染色体对应的size；
开始啦~
bedGraphToBigWig SRR13764806.bedgraph hg19.chrom.sizes SRR13764806.hg19.bw
#输出为BigWig格式
用循环输出为BigWig
vim BigWig.sh
#!/bin/bash
for i in 807 809 810 811 812 813 817
do
bedGraphToBigWig SRR13764${i}.bedgraph hg19.chrom.sizes SRR13764${i}.hg19.bw
done
Tracks路径指基因组序列上的各类区域注释信息，如基因区，外显子，组蛋白修饰等。这些信息被分布于基因组序列下方，可以通过tracks查看相关基因序列的各类信息，并进行比较。
3. WashU Epigenome Brower
(https://epigenomegateway.wustl.edu/browser/) 是一个表观遗传组学相关的基因浏览器
首先加载对应的参考基因组， hg19
上传数据 Tracks -local tracks -BigWig file type- choose track file
点击鼠标右键可以更改图形颜色
参考WashU Epigenome Brower,表观遗传组学相关基因浏览器介绍及使用方法数据库使用指南实用技巧_科研星球 (51xxziyuan.com)
我的结果~
