Seurat V5和 V4 同时安装,以及互相转换

既有之前分析的V4版本seurat对象又想要V5版本的功能等等,需要V4 V5同时使用的情况下,如何正确安装以及使用呢:

一:已有V4/V5的seurat,再安装V4/V5

以下展示已有V4,安装V5
##1.新建一个目录,检查已有的R包默认安装路径,不要重复
#检查R包默认安装路径
.libPaths()
#新建
dir.creat("/home/biosof/seurat5/")
#保存
.libPaths(c( '/home/biosof/seurat5/',  "/usr/local/lib/R/site-library",.....))
##2.安装seuratV5
remotes::install_github(repo = 'satijalab/seurat', ref = 'develop')
OR
install.packages('Seurat') 
##应该会报错,我的报错了,报错的话,请继续往下运行。安装成功的,end。
##3.Matrix 更新
#下载[Matrix 1.6-4](https://github.com/cran/Matrix/releases/tag/1.6-4)
devtools::install_local("~/seurat5/Matrix-1.6-4.tar.gz")
##4.seurat-object更新
remotes::install_github("mojaveazure/seurat-object", "seurat5") #网络问题404
#老方法,离线安装
devtools::install_local("~/seurat5/seurat-object-5.0.2.tar.gz")
##5.最后再安装seuratV5
remotes::install_github(repo = 'satijalab/seurat', ref = 'develop')
#OK congratulation
##注意:路径并不是永久有效的,如果想让该路径长期有效:
vi ~/.Rprofile
#不常用的话,并不建议这样做

二:V4/V5的seurat对象互相转换

install.packages("scCustomize")
library(scCustomize)

# Convert to V5/Assay5 structure
aa_V5 <- Convert_Assay(seurat_object = aa, convert_to = "V5")

# Convert to V3/4/Assay structure
aa_V4 <- Convert_Assay(seurat_object = aa, convert_to = "V3")
#这里写V3,其实包含V4
#end
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