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http://www.cnblogs.com/xiaona/p/4837b46b68d3f33642d0f470cad05101.html
建立好一个Maven项目后，如果Java Resources资源文件下没有src/main/java文件夹，并且在手动创建这个文件时提示“已存在文件”。
这说明，在这个项目配置中已经有了src/main/java这个文件夹，至于为什么不显示，我暂时也还不清楚，希望谁明白了跟我下，谢了。（已解决）
第一种方法： 打开项目的classpath文件：如下
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<classpath>
<classpathentry kind="src" output="target/test-classes" path="src/test/java">
<attributes>
<attribute name="optional" value="true"/>
<attribute name="maven.pomderived" value="true"/>
</attributes>
</classpathentry>
<classpathentry kind="src" path="src/main/java"/>
<classpathentry kind="src" path="src/main/resources"/>
<classpathentry kind="src" output="target/test-classes" path="src/test/resources"/>
<classpathentry kind="con" path="org.eclipse.m2e.MAVEN2_CLASSPATH_CONTAINER">
<attributes>
<attribute name="maven.pomderived" value="true"/>
<attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="/WEB-INF/lib"/>
</attributes>
</classpathentry>
<classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER/org.eclipse.jdt.internal.debug.ui.launcher.StandardVMType/JavaSE-1.6">
<attributes>
<attribute name="owner.project.facets" value="java"/>
</attributes>
</classpathentry>
<classpathentry kind="output" path="target/classes"/>
</classpath>
会出现path属性为：src/main/java的classpathentry节点，这时删除我们需要新建的的节点就可以，比如 <classpathentry kind="src" path="src/main/java"/>。在Java Resources下重新建立src/main/java文件夹，就不会出现问题了。
第二种方法：这是最便利的一种。在项目上右键选择properties，然后点击java build path，在Librarys下，编辑JRE System Library，选择workspace default jre就可以了。