NCBI分类体系重大改革：Domain 和 Realm 来了，你还在用旧层级吗？

NCBI Taxonomy 大更新！superkingdom 正式退场，病毒最高等级变成 acellular root 了

最近不少做宏基因组、病毒组学或者系统发育分析的朋友发现，在 NCBI Taxonomy 浏览器里查分类的时候，层级突然变了。以前常见的 “superkingdom Viruses” 不见了，取而代之的是 acellular root。这是怎么回事？

2025 年，NCBI 对分类体系进行了一次比较大的结构性调整。今天我们就来聊聊这次更新的核心内容，以及对我们日常使用有什么影响。

为什么 NCBI 要改分类层级？

主要原因有两个：

1. 与国际命名规范接轨
   细胞生物这边，国际原核生物命名法典（ICNP）已经不再推荐使用 superkingdom 这个等级。
   病毒这边，ICTV（国际病毒分类委员会）早就把 Realm（界） 作为病毒的最高正式分类等级。

2. 让分类结构更清晰
   以前病毒和细胞生物混在同一个 superkingdom 体系下，显得比较混乱。现在 NCBI 把两者彻底分开，用两个不同的“根”来管理。

这次更新的核心变化

NCBI 在 2025 年 2 月底发布公告，并于 3 月 26 日 正式实施，主要变化如下：

具体说明：

• cellular root（有细胞根）：现在是所有细胞生物（古菌、细菌、真核生物）的最高节点。

  • 下面直接使用 Domain 等级，包括：
    • Domain: Archaea（古菌域）
    • Domain: Bacteria（细菌域）
    • Domain: Eukaryota（真核域）

• acellular root（无细胞根）：现在是所有病毒的最高节点。

  • 下面使用 Realm 作为最高正式等级，目前主要包括：
    • Realm: Riboviria（包含绝大多数 RNA 病毒和逆转录病毒）
    • Realm: Duplodnaviria
    • Realm: Varidnaviria
    • Realm: Monodnaviria 等

简单来说：Domain 是给细胞生物用的，Realm 是给病毒用的，两者是平行但独立的最高分类单元。

对病毒分类的影响最大

这次更新对病毒影响最为明显：

• 原来很多病毒直接挂在 “Viruses” 下面，现在被规范地放到了各个 Realm 下面。
• 例如你之前看到的很多 RNA 病毒，现在大概率会出现在 Riboviria 这个 Realm 下。
• Riboviria 下面还有 Kingdom（界） 这一级，比如 Pararnavirae（副核糖病毒界）和 Orthornavirae（正核糖病毒界）。

这其实是 NCBI 向 ICTV 靠拢的结果，让病毒分类体系更加规范和系统。

这对我们日常使用有什么影响？

1. 查分类时要注意层级变化
   以前习惯写 “superkingdom Viruses” 的地方，现在建议改成 acellular root 或直接写具体的 Realm（如 Riboviria）。

2. 写论文和报告时要更新表述
   建议采用以下规范写法：

   “病毒分类采用 ICTV 体系，最高等级为 acellular root，下设 Realm（如 Riboviria）。”

3. 软件和数据库兼容性
   目前主流的分类学工具（如 TaxonKit、QIIME2、Kraken 等）大多已经逐步适配新层级。建议更新到较新版本。

4. 短期内可能会有混淆
   很多老的数据库、流程和教学材料还在用旧的 superkingdom 体系，短期内新旧并存的情况会存在。

总结

这次 NCBI Taxonomy 的更新，本质上是把“病毒”和“细胞生物”在最高层彻底分开，并让病毒分类更好地对接 ICTV 的 Realm 体系。虽然短期内可能会让一部分人感到不适应，但长期来看，这是一个更清晰、更规范的分类框架。

如果你经常使用 NCBI Taxonomy 做分析，建议尽快熟悉 acellular root + Realm 这套新体系。

相关链接：https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/tag/taxonomy/

看没看懂都点个赞呗~