SCENIC: 结果说明和画图

http://htmlpreview.github.io/?https://github.com/aertslab/SCENIC/blob/master/Tutorials_JupyterNotebooks/SCENIC_tutorial_2-ExploringOutput.html

1. 每个regulon在每个细胞中的AUC

3.4_regulonAUC.Rds

使用getAUC函数可以直接获得AUC值

kk <- readRDS("/home/zhiyong/Desktop/ZZZZZZZZZZZ/3.4_regulonAUC.Rds")
class(kk)
dim(kk)
kk@assays@data$AUC[1:3,1:3]

3.4_regulonAUC.Rds

image.png

2. 二值化时使用的每个regulon的threshold

3.5_AUCellThresholds.Rds

kk <- readRDS("/home/zhiyong/Desktop/ZZZZZZZZZZZ/3.5_AUCellThresholds.Rds")
class(kk)
length(kk)
kk[[1]]$aucThr$thresholds

3.5_AUCellThresholds.Rds

其中Global_k1是使用的阈值，对应细胞为高出此阈值的细胞数

3. 二值化以后每个regulon对应每个细胞的数值

4.1_binaryRegulonActivity.Rds

这里的数值只有0和1两种

kk <- readRDS("/home/zhiyong/Desktop/ZZZZZZZZZZZ/untitled_folder/CD/4.1_binaryRegulonActivity.Rds")
class(kk)
dim(kk)
kk[1:3,1:3]

4.1_binaryRegulonActivity.Rds

image.png