这是我在简书的第一篇文章,简书这个APP以后就用来作为我记录模拟计算的一个地方。。。
第一次发文章打算写一篇关于如何在materials studio软件中构建晶体结构,以及按照相应的晶面指数切出晶面,固定晶体结构中的一部分原子,并且利用武汉大学赵老师制作的脚本文件很快的给出晶体结构在vasp环境下需要的POSCAR文件。
本文以W元素为例,在这里切出W晶体的(100)晶面,并创建2✖2的超晶胞,之后还要固定该超晶胞的底层原子,然后给出POSCAR文件。
1.首先我们需要一个W的晶体结构,在这里你可以选择在materials studio软件中自己动手制作,或者选择在网上下载一个W的晶体结构,在这里我选择了后者。推荐一个专业的网站:http://aflowlib.org,可以用来寻找你所需要的晶体结构。
我们在下面的图中,选择W1。
从该网站提供的信息中可以直接看到晶体结构的3D模型
我们需要的是W的晶体结构的POSCAR文件,在网页的RELAXED STRUCTURE部分。
下载该文件,下载以后先必须利用VESTA软件将该文件的格式从.vasp转换为.cif,目的在于可以在materials studio软件中使用。利用VESTA中的Export Data按钮,将文件转换成.cif格式。之后将转换好的.cif格式文件直接拖入MS(materials studio)软件中。
2.接下来我们的任务是切出(100)晶面。
首先在build>crystals>rebuild crystals下,建立晶胞,为了消除对称性的影响,选择P1。
其次,切出(100)晶面,在build>surfaces>cleave surface下,cleave plane选择(100),Thickness的Fractional选择2.0。
再次,建立超晶胞。在build>symmetry>super cell选择2✖2的超晶胞。
最后,我们还需要设置真空层,目的在与消除周期性的影响。在build>crystals>build vacuum slab。
3.固定底层原子,利用脚本文件导出需要的POSCAR文件。
a.在MS软件中将脚本文件拖入。注意,在脚本文件中,要将第13行中的$filename后面""中的文件名改为你所建立的文件名,比如“ex (1 0 0 )”。
b.固定底层原子,在modify>constraints下fix住所选择的原子。(可根据你的需要选择固定X\Y\Z方向)
c.运行该脚本文件,生成POSCAR.txt文件。
4.可直接将生成的文件用文本编译器保存为POSCAR。