调用特定版本的BioMart database

在R中安装biomart

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("biomaRt")
library(biomaRt)

大家一般用biomart对id进行转换，或者加上其他注释信息，比如gene type等等
但是一直存在的问题是biomart的版本更新很快，比如之前分析数据是下载的ensembl 99版本的GTF文件，但是现在已经是ensembl 104 版本了，不同版本之间的注释信息之间略有不同。所以在ID转换的时候常常会发现有一小部分ID转换不了，这对强迫症患者来说无异于是无法接受的。
这里只针对从ensembl官网下的注释文件，如果是从encode下载的话，那可能需要找到其对应的ensembl版本。
废话不多说，直接上代码，是从http://web.mit.edu/~r/current/arch/i386_linux26/lib/R/library/biomaRt/doc/biomaRt.html#using-archived-versions-of-ensembl
找到的，找了好久。

>library(biomaRt)
>listEnsemblArchives()
             name     date                                url version current_release
1  Ensembl GRCh37 Feb 2014          http://grch37.ensembl.org  GRCh37                
2     Ensembl 104 May 2021 http://may2021.archive.ensembl.org     104               *
3     Ensembl 103 Feb 2021 http://feb2021.archive.ensembl.org     103                
4     Ensembl 102 Nov 2020 http://nov2020.archive.ensembl.org     102                
5     Ensembl 101 Aug 2020 http://aug2020.archive.ensembl.org     101                
6     Ensembl 100 Apr 2020 http://apr2020.archive.ensembl.org     100                
7      Ensembl 99 Jan 2020 http://jan2020.archive.ensembl.org      99                
8      Ensembl 98 Sep 2019 http://sep2019.archive.ensembl.org      98                
9      Ensembl 97 Jul 2019 http://jul2019.archive.ensembl.org      97                
10     Ensembl 96 Apr 2019 http://apr2019.archive.ensembl.org      96                
11     Ensembl 95 Jan 2019 http://jan2019.archive.ensembl.org      95                
12     Ensembl 94 Oct 2018 http://oct2018.archive.ensembl.org      94                
13     Ensembl 93 Jul 2018 http://jul2018.archive.ensembl.org      93                
14     Ensembl 92 Apr 2018 http://apr2018.archive.ensembl.org      92                
15     Ensembl 91 Dec 2017 http://dec2017.archive.ensembl.org      91                
16     Ensembl 90 Aug 2017 http://aug2017.archive.ensembl.org      90                
17     Ensembl 89 May 2017 http://may2017.archive.ensembl.org      89                
18     Ensembl 88 Mar 2017 http://mar2017.archive.ensembl.org      88                
19     Ensembl 87 Dec 2016 http://dec2016.archive.ensembl.org      87                
20     Ensembl 86 Oct 2016 http://oct2016.archive.ensembl.org      86                
21     Ensembl 85 Jul 2016 http://jul2016.archive.ensembl.org      85                
22     Ensembl 80 May 2015 http://may2015.archive.ensembl.org      80                
23     Ensembl 77 Oct 2014 http://oct2014.archive.ensembl.org      77                
24     Ensembl 75 Feb 2014 http://feb2014.archive.ensembl.org      75                
25     Ensembl 67 May 2012 http://may2012.archive.ensembl.org      67                
26     Ensembl 54 May 2009 http://may2009.archive.ensembl.org      54 
##可以看到不同的版本下有一个网址
其中，ensembl 88（可能记错了）之前的是hg19版本，后面的是hg38版本，

如果我们分析数据时下载的时ensembl 99 版本的gtf注释文件，但现在biomart默认的是ensembl 104 版本，那我们可以换成ensembl 99 的版本。

> listMarts(host = 'jan2020.archive.ensembl.org')
               biomart               version
1 ENSEMBL_MART_ENSEMBL      Ensembl Genes 99
2   ENSEMBL_MART_MOUSE      Mouse strains 99
3     ENSEMBL_MART_SNP  Ensembl Variation 99
4 ENSEMBL_MART_FUNCGEN Ensembl Regulation 99

>  ensembl99 <- useMart(host='jan2020.archive.ensembl.org', 
  +                      biomart='ENSEMBL_MART_ENSEMBL', 
  +                      dataset='hsapiens_gene_ensembl')

至此，ensembl 99 版本的human biomart就导入完成了，如果是mouse，则把dataset='hsapiens_gene_ensembl'该成mouse对应的就好了。

结语

最新的ensembl已经不是mm10（GRCm38)版本了，改成了最新的GRCm39,所以可能有些问题，但对于ensembl 101 以及以前的版本，用以上的方法足以切换到对应版本的biomart，同时人类和小鼠的ensembl 版本号是相同的（hg38 ensembl 99 和mm10 ensembl 99 是同一时间更新的，因此host='jan2020.archive.ensembl.org' 这一参数是相同的）