人或者小鼠基因名称转换
可以直接用网络版的ID转换
Biodbnet
用R语言
library(readr)
library(org.Mm.eg.db) #人的用org.Hs.eg.db
library(clusterProfiler)
df=read_csv("meiji.csv")
geneid=df$`Gene id`
map_dt <- bitr(df$`Gene id`, fromType = "ENSEMBL",toType = c( "SYMBOL"),OrgDb = org.Mm.eg.db)
keytypes(org.Mm.eg.db)
另外我们经常遇到ENSG的名称形式，如ENSG00000048707.8，这个时候我们只用保留前面15位就好了，小数点后面是版本号
library(stringi)##加载包
df2$gene=stri_sub(df2$gene,1,15)##保留前15位
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