2020-10-25 学习小组Day3笔记--文惠

miniconda3的安装,有两种方式:

在进行前,输入uname -a查看linux系统版本

  1. 复制miniconda3最新的链接,在putty中输入wget + 地址
  2. 下载好安装包(sh格式),再拖入shell中,bash 安装包进行安装
    我以第二种方式安装下来,不需要激活(可以注意看安装后的日志文件,里面写了重启shell即可,不需要用source ~/.bashrc来激活软件)

Conda下载安装软件

以fastqc为例
  1. conda list 可查看目前有的所有的软件
  2. conda search fastqc 搜索fastqc软件
  3. conda install fastqc -y下载安装软件
  4. conda remove fastqc -y 删除软件
    如果出现无法搜索的情况,可能是conda环境没有配置好:
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --set show_channel_urls yes
    全选复制粘贴回车

conda变量

查看conda变量 conda info --envs

当要处理转录组数据了,需要将软件下载安装好,并建立一个新的rnaseq的conda变量:
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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