ggplot2绘图系统——heatmap、geom_rect
这里不介绍更常见的pheatmap包。
1.heatmap函数
基础包。
data=as.matrix(mtcars)
#接受矩阵
heatmap(data)
heatmap(data,scale = 'column')
image.png
heatmap(data,scale = 'column',
col=terrain.colors(256),
Colv = NA,
Rowv = NA)
image.png
2.geom_tile
ggplot2
中，热图可看作若干个小矩形组成。其几何对象就是rect（矩形）或tile（瓦片），两者效果相同。
mydata <- data.frame(year=2000:2015,lung=runif(16),
liver=runif(16),bone=runif(16),
luk=runif(16),eso=runif(16),gas=runif(16),
eye=runif(16),brain=runif(16),pan=runif(16),
kidney=runif(16),breast=runif(16))
mydata2 <- reshape(mydata,varying = list(names(mydata)[-1]),
timevar = 'cancer',direction = 'long',
times = names(mydata)[-1])
ggplot(mydata2,aes(x=year,y=cancer))+
geom_tile(aes(fill=lung))+ #瓦片图
coord_polar(theta = 'y',start = 0.25)+ #极坐标转换
scale_fill_gradient(low = 'white',high = 'red')+
guides(fill=guide_colorbar(title = '肿瘤发病率'))
image.png
