黄连味大苦，性寒而燥。
苦为心之味，燥为火之性，所以黄连善于入心以清心热。心中的热被清除了，那上焦的热也都会被清除，所以黄连也善于治疗上焦有热之脑部充血、脑膜生炎。因为张锡纯在民国时期接触并学习了许多西医理论，书中许多地方都有张锡纯对于西医自己的理解。
黄连的颜色为纯黄，黄为脾色，所以黄连能够入脾胃以除脾胃之实热，实热一除，人体进食自然就能恢复正常。并且黄连还可以治疗肠道湿热导致的下利脓血，就是大便带有脓血。因黄连性凉且燥，所以还可以治疗湿热郁于心下，导致的心下痞满，或是妇女下生殖器中因湿热导致的发炎溃烂。
徐灵胎曾说，“苦属火性宜热，此常理也”，意思就是说，苦味属火，所以苦味应该带有热性，这是最基本的常识。黄连味苦反而是寒性，所以黄连是“得火之味与水之性”，有火的味和水之寒性，所以能够除水火交杂之病，水为湿，火为热，水火交杂即为湿热。
湿热导致的目痛、眼角损伤、流泪、眼睛视物不清等，都是湿热在上导致；湿热导致的大便脓血、腹痛等，都是湿热在中导致；湿热导致的妇女生殖器中肿痛，都是湿热在下导致。这些症状用黄连都能够治愈。
张锡纯还认为，凡是能够祛湿的药物一定会有生热的弊端，凡是能够除热的药物一定不能祛湿，而唯独黄连以苦燥湿、以寒除热，一举两得。
邹润安说，《名医别录》中记载黄连可以调胃且厚肠，而后世说黄连可以厚肠胃，这是一种错误的说法。邹润安认为，肠胃中都有一层脂膜包裹其内，这些脂膜的作用就是引导和“护送”食物残渣和污秽之物下行排出。
如果感受湿热之邪，那这些脂膜就容易被湿热所消融，而肠道中这些被消融的脂膜会随着粪便排出，这就是古人所说的“肠澼”，大概就是现在说的痢疾之类。
而胃体较大，能够容纳湿热污垢，即使是有湿热之邪，也不一定会损伤胃的脂膜，但是说到底胃还是会被湿热之邪所伤，所以称之为“调胃”。肠道蜿蜒曲折盘旋在体内，湿热之邪更容易留恋其中，消融脂膜，而脂膜被消融之后会变得更薄，所以称之为“厚肠”。
故黄连能够“调胃而厚肠”，并不能像后世说的“厚肠胃”，其中的区别就能看出古人遣词造句的精细。
张锡纯还认为，黄连治疗湿热导致的眼疾并不是一定都需要内服。张锡纯曾经治疗眼睛胀痛的患者，就用黄连煮水，趁热用棉花蘸水擦在眼睛上，一直到患者觉得咽中发苦才停止，这时候患者顿时觉得眼睛胀痛的感觉减轻了许多。或者用黄连碾成粉末，用芝麻油调和，一直放在鼻子旁去闻，也能够起到很好的效果。
