HiCExplorer可以通过conda进行安装，该软件和deeptools用法相似，由同一个实验室开发。最好不要使用pip安装，pip安装无法正确安装hicexplorer的各种依赖包，可以下载到本地安装，python setup.py install
之后认真阅读requirements.txt文档手动安装各种python包
注意！！！
在安装软件前一定要养成阅读软件安装文档的习惯，如INSTALL,requiements.txt可以避免走很多的弯路
hicConvertFormat程序是HiCExplorer软件的一个子程序，可以实现各种hic数据格式之间的互相转换
ChIA-PET2软件的输出结果为matrix文件和bed文件，与HiCPro结果一致
hicConvertFormat -m res_50000.matrix --bedFileHicprores_50000_abs.bed --inputFormat hicpro --outputFormat h5 -o matrix.h5
将chia-pet2结果转化为hicexplorer可以识别的文件即可用于其他分析
如绘制相关性热图
hicCorrelate -m rep1.h5 rep2.h5 rep3.h5 --method=pearson --log1p --labelsrep1 rep2 rep3 --outFileNameHeatmap heatmap --outFileNameScatter scatterplot
HiCExplorer的用法非常丰富，可以满足Hi-C数据分析过程中的常规操作，详情请参考官方文档
HiCExplorer — HiCExplorer 3.7.2 documentation
Hi-C相关性热图
