单细胞数据挖掘||Pathway and Network Analysis of Gene List

本课件介绍了基于基因集的代谢通路以及网络分析,尽管这方面的研究最早不是应用在单细胞层面的,但是在单细胞数据挖掘过程中也可以给我们不少的启发。没有任何一个基因是孤岛。

在单细胞转录组 数据分析过程中我们我们是通过基因的表达和结构来描述细胞(群)的状态的,那么哪些基因是主要的,他们又是如何表现的,其实不是单因素能够说明的,所以之前开发的基于数据库的kegg/go等通路富集分析以及基于此的网络分析就派上用场了。

  • 如何选择一个基因集?
  • 关注哪些生物学过程?
  • network的结构如何呈现基因/细胞/通路关系?
  • pathway与network的区别与联系
  • 主要的还是基因集与数据库的选择
  • 基因集在单细胞(群)的表现可以定义单个细胞(群)的状态与类型
  • 介绍了几种pathway和network的工具
































g:Profiler has been updated with new data from Ensembl and Wormbase ParaSite.
































































CellNetAnalyzer



url

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容