解决安装软件中出现的问题

  • vdb-config --interactive
    下载数据需解压时安装fastq-dump,结果报错,linux提示需先运行vdb-config interactive


    image.png

    运行提示命令后即可成功安装

$ vdb-config interactive

出现配置界面


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按提示选择即可配置成功
在安装sratoolkits软件时遇到同样的问题 cdb-config:command not found
解决方法同上


软件下载后如何全局使用

安装相应软件后,并没有将可执行文件路径加入到全局环境变量中去,所以软件只能在当前路径下使用
例如安装sratoolkit软件,若未将可执行文件加入全局环境变量,当软件在软件路径其他目录下运行时会报错

#修改环境变量
echo export PATH=$PATH:~/src/edirect:~/src/sratoolkit.2.11.2-centos_linux64/bin >> ~/.bashrc

可执行文件加入全局环境变量后软件才能在任意目录下运行


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