李树正1914年出生，字清源，甘肃白银人，黄埔七期毕业，长得很斯文英俊，16岁的李树正正式进入部队，他深感自己学识不足，提高不了。于是陆续进入陆军大学、国防大学深造。毕业以后，李树正进入陆军国防大学参谋系统，从事参谋工作。李树正在国民党军内名声是比较清廉的，为人也正直。这种作风很受参谋总长陈诚赏识，陈诚就喜欢清正廉洁的人，李树正是陈诚重点栽培的嫡系将领，并多次保全了他。
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1940年，李树正调派第三战区，担任了司令部作战参谋处处长，当时第三战区的司令长官就是皖南事变的元凶顾祝同。1940年10月，国民党江苏省主席韩德勤就故意制造矛盾，与江北地区的新四军发生严重摩擦，黄桥战役中，韩德勤被打得灰头土脸，本人被活捉。虽然新四军释放了韩德勤，但也加剧了双方的矛盾，其实，在皖南事变爆发前，顾祝同一直命令第三战区的国民党部队制造摩擦，意图消灭皖南地区的新四军。
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1941年1月，国民党第三战区司令长官顾祝同指挥三十二集团军包围了皖南地区的新四军军部，制造了震惊中外的皖南事变。不过，在顾祝同策划皖南事变时，他身边的参谋处长李树正却拒绝参与袭击友军。李树正却是一个有正义感的爱国将领，他不愿看到祸起萧墙，因而李树正也被顾祝同免除了职务。顾祝同不会因为李树正而改变决心，他调上官云相前往皖南地区，制造了震惊中外的皖南事变。
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被免职后，李树正虽然无所事事，在官场失意，但却情场得意，当时他已经谈了一个女朋友叶芳娜。叶芳娜不仅貌美如花，而且知书达理，是那个年代少见的集美貌与智慧于一身的奇女子。两人结为伉俪，婚后生活幸福，夫妻两人生育了二子二女。第二年，李树正通过同学的帮助，担任了杜聿明第五军的工兵团长。跟随杜聿明前往缅甸，参加了远征军。在这之后，李树正陆续参加了桂柳会战、湘西会战、鄂西会战等大型战役，获得了多枚奖章，为抗战做出了卓越的贡献。
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解放战争期间，李树正担任了“国防部”三厅处长等职务，并被授予陆军少将军衔。淮海战役时，徐州所有部队都声称自己遭到华野主力攻击，当第七兵团被包围在碾庄时，杜聿明提出集中徐州主力先行击溃中野主力，再回师解救黄百韬第七兵团。但这个方案被刘峙和李树正否决了，刘峙和李树正认为，一旦出现判断失误，使得兵团主力扑空，造成黄百韬兵团被全歼，他们都难辞其咎，于蒋介石那里没法交代。实际上刘峙也算是对国军部队有清晰地认识，比如国民党并不擅长大兵团机动作战。
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刘峙采取相对稳固地作战方式，只要求李弥、邱清泉全力支援黄百韬，最终造成淮海地区六十万国军部队，都被我军分割全歼。淮海战役的胜利，解放军胜在对情报的完全掌控上，而李树正曾经的老师吴石，正是我党非常重要的情报来源。吴石的好友吴仲禧早年加入共产党，吴仲禧以国防部中将部员的身份派往徐州剿匪总司令部，吴石亲自给刘峙的参谋长李树正写信要求对方关照吴仲禧。吴仲禧才拿到“淮海战场形势图”这么重要的情报，并送给潘汉年，使得我军在军事行动上步步领先。
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此外，吴石还让“华中剿匪指挥部”情报科长胡宗宪送一份《敌我双方兵力位置图》给吴仲禧参考。吴石本人则在解放军挥师逼近南京时，将500箱重要军事机要档案扣下，1949年福州解放后，将6800余卷军事绝密档案呈献给解放军第十兵团司令部。但是吴石随军去了台湾，被查出通共，蒋介石亲自督办，吴石遭到枪决。
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三大战役结束以后，李树正奉命率领国民党80军前往海南岛，协助薛岳“守卫”海南岛。海南岛失守后，他又一次带领残部逃到台湾。到了台湾后，李树正担任了“陆军总部参谋长”。不过，受孙立人事件牵连，1955年李树正被解除兵权。并被调到“国防大学”当教师，1971年，他在台湾以中将身份退役。于1991年因病去世，终年77岁。
