传说陈荣祖生来爱读书，但他读书不读四书五经，却爱读佛经，而且喜欢跑到山里读。每天早上，邻居小孩赶牛上山，他就带上佛经跟着他们放牛去；邻居的小孩玩耍时，他就捧着佛经读。有一次，邻居小孩只顾得玩耍，忘了看牛，到了傍晚，牛走失了找不到，急得邻居小孩都哭了。年纪最小的荣祖一点也不着急，只见他跳上大岩石，盘腿坐下开始念佛经。不一会儿，牛就自己跑回来了。荣祖六岁时出家到大云院当小和尚，取法号普足，持斋戒杀，讲求经谶，长大后又在高泰山结建庵堂，淡薄世俗，一心修炼。后来，普足听说大静山长老明松禅师法力高深，是位得道高僧，就慕名前往，拜他为师。明松禅师授他衣钵，使他掌握了高深的佛典。
普足道成业就后，拜别恩师，回住麻章庵，人称“麻章上人”。他慈善为怀，千辛万苦，到处募捐，修桥筑路，施医送药，弘扬佛法，为百姓做好事。公元1083年，安溪县碰上百年不遇的大干旱，安溪蓬莱乡民前往永春请普足来祈雨。普足来到蓬莱山设坛祈雨，祈雨文疏一念完，天上就下起滂沱大雨。大家都说他祈雨灵验无比，再三留他长住。普足看蓬莱山川秀丽，风景幽雅，就答应了。蓬莱乡亲在张岩披荆斩棘，建起岩宇。因为这里泉水非常清冽，普足就把张岩改名清水岩。
清水祖师刚建寺时收杨道、周明为弟子，继续募捐修岩宇、种松柏，还修道路、造桥梁、建洋中亭，行医济药，寺业大兴，声名远扬。当时，汀州、漳州等地灾疫多，清水祖师经常到那里为人们消灾除病，十分灵验。远方乡人，都知道清水祖师的大名，每逢灾疫都翻山越岭、长途跋涉来请他前往消灾。
清水祖师为治病救人，经常到山上采集草药，然后在半岭亭边的大石臼捣药。有老虎受伤了，闻到草药香味，来到石臼舔吃残留的草药，伤就好了。至今还有一首《丹臼》诗，说的就是这件事。诗云：不同玉柞捣元霜，舂得丹成臼亦芳。猛虎似知换骨好，故来石上舔余香。
清水祖师65岁（也有的说是57岁）那年化佛。他化佛时端端正正地坐着，过了三天，神色不变。远近的人们知道后，纷纷赶来瞻仰朝拜，把他的骨灰葬在清水祖殿后，并修建了一座石塔，取名叫“真空塔”，俗称“祖师墓”。
人们为了纪念清水祖师，用沉香木雕刻了祖师神像，至今供奉在大殿中。由于清水祖师祈雨最著名，每次都很灵验，事迹远扬，所以宋朝皇帝一而再、再而三地敕赐封号。宋孝宗封他为“昭应大师”，后又封他为“昭应慈济大师”；宋宁宗封他“昭应广惠慈济大师”，第四次被敕封为“昭应广惠慈济善利大师”。福建、台湾和南洋等许多地方都广泛供奉清水祖师。
