1.问题
今天学员用counts表达矩阵去做差异分析，被Deseq2报错说不是整数，如图：
load("/Users/kingjie/Library/Containers/com.tencent.xinWeChat/Data/Library/Application Support/com.tencent.xinWeChat/2.0b4.0.9/cba1c03b41421535c22ef54da2fc8c18/Message/MessageTemp/2d980b89abf205158eee86824e0a312e/File/TCGA-HNSC_gdc.Rdata")
exp[1:4,1:4]
## TCGA-BB-4224-01A
## ENSG00000000003.13 2237
## ENSG00000000419.11 1606
## ENSG00000000457.12 1063
## ENSG00000000460.15 1208
## TCGA-H7-7774-01A
## ENSG00000000003.13 2740
## ENSG00000000419.11 1691
## ENSG00000000457.12 803
## ENSG00000000460.15 317
## TCGA-CV-6943-01A
## ENSG00000000003.13 2686
## ENSG00000000419.11 1649
## ENSG00000000457.12 917
## ENSG00000000460.15 402
## TCGA-CN-5374-01A
## ENSG00000000003.13 2086
## ENSG00000000419.11 2333
## ENSG00000000457.12 1288
## ENSG00000000460.15 1105
class(exp)
## [1] "matrix" "array"
class(exp[1,1])
## [1] "numeric"
明明就是一个看起来挺正常的counts矩阵！然而：
library(DESeq2)
colData <- data.frame(row.names =colnames(exp),
condition=Group)
if(!file.exists(paste0(cancer_type,"_dd.Rdata"))){
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(
countData = exp,
colData = colData,
design = ~ condition)
dds <- DESeq(dds)
save(dds,file = paste0(cancer_type,"_dd.Rdata"))
}
报错信息说有一些数值它不是整数，于是学员过来求助。
2.解决方案
我给的解决方案是apply套上as.integer，矩阵变成整数型再做差异分析。
exp2 = apply(exp, 2, as.integer)
library(DESeq2)
colData <- data.frame(row.names =colnames(exp2),
condition=Group)
if(!file.exists(paste0(cancer_type,"_dd.Rdata"))){
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(
countData = exp2,
colData = colData,
design = ~ condition)
dds <- DESeq(dds)
save(dds,file = paste0(cancer_type,"_dd.Rdata"))
}
搞定！
3.研究一下为啥子
我猜呢，是表达矩阵里面有些小数，所以检查一下数据里是不是有小数点
library(stringr)
k = str_detect(exp,"\\.");table(k)
## k
## FALSE TRUE
## 13332434 61492
确实是有的，那么提取几个出来看看
x = head(exp[k]);x
## [1] 8903 947 9114 9451 9157 876
我以为见鬼了呢！这明明就是整数，哪里有小数点啊！
x
## [1] 8903 947 9114 9451 9157 876
class(x)
## [1] "numeric"
最后的破案还是来自于尝试：
as.character(x)
## [1] "8903.00000000001" "946.999999999999"
## [3] "9113.99999999999" "9451.00000000001"
## [5] "9156.99999999999" "875.999999999999"
好吧，确实是小数，只不过太接近于整数，所以被R语言显示成了整数，真是坑你没商量哦
继续刨根问底儿，得知她的表达矩阵是从xena下载的，xena 的counts数据被取了log2(count+1),这个操作可逆的 ，2^exp + 1即可。但做deseq2差异分析还需要加上一步exp2 = apply(exp, 2, as.integer)。
补充一个不太重要的小知识
R语言中的numeric是数据类型的一种，它又分integer和double
，默认都是double，如果想明确指定要integer可在写代码时加L或者用as.integer转换。
class(1)
[1] "numeric"
class(1L)
[1] "integer"
typeof(1)
[1] "double"
typeof(1L)
[1] "integer"
