找到两个以上fastq文件,用MultiQC同时对他们的数据质量做出评价
1.用Anaconda安装MultiQC,输入以下语句:
conda install -c biocondamultiqc
得到以下结果:
。1.png
2.于是尝试用pip安装,输入以下语句:
pip install --upgrade pip
pip install multiqc
出现以下bug
。2.png
网上查找方法,接着输入语句
pip install --ignore-installed multiqc
出现以下问题:ERROR: distributed 1.21.8 requires msgpack, which is not installed.
根据这个error,输入以下语句:
pip install msgpack-python
pip install msgpack
问题得到解决,开始从NCBI下载序列:
。3.png
找到两个序列:SRR10173714和SRR9874499
输入以下语句:
结果显示:prefetch SRR9874499
。5.png
按网上教程输入:
prefetch -v SRR9874499
。4.png
。7.png
但是卡在这里没有动了,暂时不知什么原因,网上也无解决办法。