生物软件学习笔记3

找到两个以上fastq文件,用MultiQC同时对他们的数据质量做出评价

1.用Anaconda安装MultiQC,输入以下语句:

conda install -c biocondamultiqc

得到以下结果:


。1.png
2.于是尝试用pip安装,输入以下语句:

pip install --upgrade pip
pip install multiqc

出现以下bug


。2.png

网上查找方法,接着输入语句

pip install --ignore-installed multiqc

出现以下问题:ERROR: distributed 1.21.8 requires msgpack, which is not installed.
根据这个error,输入以下语句:

pip install msgpack-python
pip install msgpack

问题得到解决,开始从NCBI下载序列:


。3.png

找到两个序列:SRR10173714和SRR9874499

输入以下语句:

prefetch SRR9874499

结果显示:
。5.png

按网上教程输入:

prefetch -v SRR9874499

。4.png

结果显示failed,于是我换了个序列,如图:
。7.png

但是卡在这里没有动了,暂时不知什么原因,网上也无解决办法。

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