电影《沙漏》讲述了女主一号转学到新高中，与女主二号、男主发生的一段校园生活、感情、学习的故事，后来因为误会，男主为了照顾女主二号，不敢说出自己的感情，女主一号与二号也因为误会，选择离开，没有坚持陪伴对方。女主回到学校，回忆了当时的校园点滴，过去的美好回忆就像沙漏一样留在了心里。
女主一号米砂勇敢自信，有个龙凤胞胎弟弟，爸爸最疼爱她，她就像小太阳一样，小时候妈妈和爸爸离婚后因车祸去世。爸爸不想她们离开，接受不了妈妈去世的事实，骗姐弟恋说妈妈为了追求自己的梦想，离开他们。两姐弟认为妈妈是自私的，抛弃了他们而选择不原谅。妈妈给了她一个沙漏，说99秒后不好的事情都会转为好的。虽然嘴里说憎恨妈妈，但是对妈妈的回来抱着希望。
女主二号莫醒醒就像大姐姐，保护和疼爱着她，弥补了妈妈抛弃她的那块缺失。女主二号醒醒因为妈妈为了救人在车祸中去世，她去了高中后因为这事成为校园欺凌的对象。爸爸汹酒，没有照顾好家庭和她。米砂爸爸只要米砂在学校受到欺负，总会维护女儿，在醒醒看来，她是家庭富裕，并且家人都很疼爱她，是个什么有的孩子。而醒醒爸爸总是认为自己的女儿总是做错的，总是向学校道歉，没有站在女儿这边，醒醒认为自己是累赘，是一个什么都没有的孩子。
男主路理是学习成绩好，有才华、暖心的同学。醒醒的妈妈当时在车祸中救了她，为了感恩，他不允许自己不优秀，在班上和生活上用尽全力照顾醒醒。直到醒醒爸爸出世，醒醒才知道了路理照顾她的真相。而自己当时喜欢上了他，也误会了路理是喜欢她的，然后隐藏了秘密，给路理到的感情多于给米砂。原来自己阻碍了米砂和路理的感情。
沙漏给了时间思考，回忆过去的美好点滴，让我们在等待心怀希望。
