Quast

通过计算各种指标来评估基因组组装。它既可以使用也可以不使用参考基因组
安装：
wget https://sourceforge.net/projects/quast/files/quast-5.0.2.tar.gz/download
tar -zxvf quast-5.0.2.tar.gz && cd quast-5.0.2
测试：
python quast.py ecoli.contigs.fasta -t 8 -o quast
结果：

BUSCO

使用相近的物种之间的保守序列与组装的结果进行比对，评价拼接结果的准确性和完整性。
下载安装：
1.wget -c https://gitlab.com/ezlab/busco/-/archive/master/busco-master.zip -O busco.zip
unzip busco.zip && mv busco-master busco && cd busco
module load Python && python setup.py install
2.wget -c http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus.current.tar.gz
tar -xzvf augustus.current.tar.gz && cd augustus-3.3.1 && make
3.wget -c http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz -O hmmer.tar.gz
tar -xzvf hmmer.tar.gz && cd hmmer-3.2.1 && ./configure && make
4.wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz
tar -xzvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
5.数据库下载：https://busco.ezlab.org/
例：wget -c https://busco.ezlab.org/datasets/embryophyta_odb9.tar.gz
6.busco依赖augustus、hmmer、blast，配置环境变量，修改配置文件
命令行：
python run_BUSCO.py -i ecoli.contigs.fasta -l enterobacteriales_odb9 -o suffix -m genome --cpu 8
结果：