conda install -c bioconda fastx_toolkit

fastx_toolkit:过滤不合格序列 

使用 参考 网站

博客 简介 http://not.farbox.com/post/fastx_toolkit#toc_1

中文 使用手册 https://www.jianshu.com/p/26762fcfb8f8

英文 使用手册 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/commandline.html

如：按质量值过滤

fastq_quality_filter: -q 设定碱基阈值, -p 设定碱基百分比

/home/weiyx/miniconda2/bin/fastq_quality_filter -v -q 20 -p 80 -Q 33 -i SRX3776754.fastq -o tmp

/home/weiyx/miniconda2/bin/fastx_trimmer -v -f 1 -l 27 -i tmp -Q33 -o SRX3776754_clean.fq

conda 安装 参考

网址 https://www.jianshu.com/p/17288627b994