Mac下安装并使用TBtools的所有功能

注意，现在TBtools已经有Mac安装器，故本教程已经作废。

请明白，TBtools几乎所有功能，尤其是绘图功能，使用的是纯粹的Java代码实现，不存在任何依赖，用户完全可以只安装Java之后，直接使用TBtools的90%的功能。对于希望使用TBtools的一些外部程序GUI wrapper功能的，则才需要配置依赖环境。

写在前面

TBtools是一个跨平台的生信小工具。超过90%的功能是纯粹的java实现，也很少使用第三方类库。这主要是我个人追求的是，小体积，跨平台，多功能。但每个人的精力的是有限的，有很多优秀的工具，尤其是活着的（一直保持更新的）工具事实上是不值得去重新实现。调用这些优秀的程序，事实上才是一个做生物学问题的人最智慧的操作。从某个层面来说，我似乎是认输啦。所以在之前的某个时间点开始，我开始去调用一些外部程序，其中包括几个：

Blast
RNAfold
MCScanX
Hmmer
MEME suite
muscle

其实这些都很优秀，我之所以打包这些程序，原因非常简单。因为很多时候，我们只是做一些简单的操作，在这样的前提下，命令行操作的速度和掌握时间，往往比不上界面化。
多数用户使用的操作系统是windows。所以我一直都会将所有的依赖进行打包，并基本确保99%的windows用户可以时间上述几个依赖。其中包括MCScanX，hmmscan，甚至是MEME suite等只为linux系统开发的程序，我对他们进行打包，使windows用户同样可以一键安装TBtools就可以使用。windows用户的问题变得很少了。但是似乎越来越多Mac OS用户。总的来说，我一直认为，Mac OS用户应该具有一定的觉悟，比较熟悉命令行操作和一些软件的安装和环境变量配置。但事实上，可能相对深入的理解一些计算机知识成本还是太高，所以多数TBtools的Mac OS操作系统用户并不能够很好的配置TBtools，也就是说，不能很顺畅地使用其中调用到外部程序的10%的功能。

过两天，有一次TBtools的线下培训，为了减少少部分工具的使用问题。我大体整理并打包了Mac OS下配置完全功能的TBtools依赖的安装程序和相应地需要执行的代码。希望对这部分用户有一定的帮助。

Mac OS下配置所有依赖

下载并解压TBtools专用的Mac安装包，解压可见

TBtools,jar，即TBtools所有程序，包括GUI和命令行，可以直接执行90%的功能
MacDependency，即TBtools少数功能所依赖的环境变量，这主要是为了方便用户操作

进入MacDependency文件夹，可以看到，其中包括了所有依赖

安装Java，从Mac OS 10开始，java并不是其内置程序，故需要用户安装

剩余的.dmg文件，全部双击安装即可

剩余程序，先打开terminal，并切换到MacDependency目录

安装MEME
在MacDependency目录下执行以下命令

tar zxf meme_5.0.4.tar.gz
cd meme_5.0.4 ./configure --prefix=$HOME/meme --with-url=http://alternate.meme-suite.org/ --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt 
make
make install
# 设置到环境变量
export PATH=$HOME/meme/bin:$PATH >> ~/.profile
cd ..  # 回到MacDependency目录

安装HMMER

tar zxf hmmer.tar.gz
cd hmmer-3.2.1
./configure
make
make check
make install
(cd easel; make install)
cd ../.. # 回到MacDependency目录

安装MCScanX
如果安装失败，可能需要安装 http://developer.apple.com/xcode/

unzip MCScanX.zip
cd MCScanX
make
echo export PATH=`pwd`:\$PATH >> ~/.profile
cd .. # 回到MacDependency目录

安装muscle

tar -zxcf muscle3.8.31_i86darwin64.tar.gz
mv muscle3.8.31_i86darwin64 muscle
chmod a+x muscle
echo export PATH=`pwd`:\$PATH >> ~/.profile
cd .. # 回到MacDependency目录

配置完成！

使用TBtools

在Mac OS下，打开TBtools GUI有两种方式，

第一，直接双击TBtools.jar，这种方式需要用户自行设置好安全信任

第二，从Terminal打开，
1.打开Terminal
2.输入java -Xmx2G -jar 路径到TBtools.jar，（其中路径到TBtools.jar，可以直接用鼠标将TBtools.jar拖拽放到Terminal中），回车即可。

检查TBtools的依赖是否全部配置完成

配置完成后，可以直接在About菜单下，点击Check De摁钮。

随后会弹出菜单，

或者是列出依赖的哪些环境需要配置
或者是提示已经全部配置完毕

写在最后

祝大家暑期快乐。