GSEA基因富集分析R语言版

GSEA基因富集分析R语言版

官方github地址

1.安装

library("devtools")

install_github("GSEA-MSigDB/GSEA_R")

2.查看说明文档

??GSEA::GSEA

3.举例

两个主要的输入文件格式：input.ds and input.cls

RNAseq数据 input.ds

GSEA(input.ds = system.file('extdata', 'Leukemia_hgu95av2.gct', package = 'GSEA', mustWork = TRUE),

input.cls = system.file('extdata', 'Leukemia.cls', package = 'GSEA', mustWork = TRUE),   #输入文件

input.chip = system.file('extdata', 'Human_AFFY_HG_U95_MSigDB_7_0_final.chip',package = 'GSEA',mustWork = TRUE),                               #RNAseq无需此参数

gs.db = system.file('extdata', 'h.all.v7.0.symbols.gmt', package = 'GSEA', mustWork = TRUE),

output.directory =  getwd(),    #输出文件夹

doc.string='gsea_result',        # 输出前缀

collapse.dataset = TRUE,      # 与input.chip联用

collapse.mode = 'max'，          # 与input.chip联用

reshuffling.type = "sample.labels",    # 生物学重复<7， gene.labels？

nom.p.val.threshold=-1,

fdr.q.val.threshold=0.05,

use.fast.enrichment.routine=T,   #use EnrichmentScore2 to compute random perm. enrich.

#gs.size.threshold.min=15,

#gs.size.threshold.max=500)

4.部分结果

补充：

1.如何读取gmt文件进行操作？

2. 如果要有选择性的进行GSEA分析，如何制作特定的gmt文件？