Clindex多样同测试剂盒在实验过程中会构建一个转录组文库和一个tags文库，因此数据分析也就分为两个环节：
(1) 单细胞转录组分析
(2) tags文库分析
本篇文章只介绍 tags文库数据分析，celescope分析单细胞转录组数据的教程链接 点击这里。
1. tag 文件配置（mapfile+run.sh）
1.1 配置mapfile
#tag_fastq_ID tag_datapath tag_sample_name rna_sample_analysis_Path
R211013006X1 /fastqs/tag_dir tag_1 /xxx/sample1/06.analysis
R211013007X1 /fastqs/tag_dir tag_2 /xxx/sample2/06.analysis
# 第一列 tag_fastq_ID：对应 tag_fastq文件的名称前缀
# 第二列 tag_datapath：对应 tag_fastq文件的路径
# 第三列 tag_sample_name：对应质控报告的名称
# 第四列：对应与其“配对的”单细胞转录组分析 “06.analysis” 路径
转录组分析截图
1.2 配置barcode.fa文件
因为在实验操作中，我们使用 不同的标签试剂（含有不同的sample barcode）标记样本，所以一定要记录每个样本使用的标签试剂所对应sample barcode序列（不然无法准确还原到对应样本）！
如下为 barcode.fa 的一个示例文本：其中smk 对应 样本名称
>SMK0
GGGCGTCTGTGACCGCGTGATACTGCATTGTAGACCGCCCAACTC
>SMK1
TTCCTCCAGAGGAGACCGAGCCGGTCAATTCAGGAGAACGTCCGG
>SMK2
AGGGCTAGGCGTGTCATTTGGCGAGGTCCTGAGGTCATGGAGCCA
>SMK3
CACTGGTCATCGACACTGGGAACCTGAGGTGAGTTCGCGCGCAAG
1.3 编辑运行脚本run.sh
multi_tag\
--mapfile ./tag.mapfile\
--linker_fasta ./linker.fasta\
--barcode_fasta ./barcode.fasta\
--chemistry scopeV2.2.1\
--dim 1\
--fq_pattern L25C15
--mod shell #
2. 生成“命令文件”
（1）激活celescope的环境conda activate celescope
（2）运行run.sh sh run.sh
很快运行完成，主要生成一个shell文件夹，其中会有一个以tag_1命名的shell脚本
tag_1.sh的每行指令：对应每一步分析（质控报告的每一部分数据）
3. 投递“命令文件”
sh tag_1.sh
运行方式和转录组类似
运行获得的文件夹：
运行获得的文件夹
postscripts: github详细的指导链接 点击这里
