申时行把他的书房命名为“赐闲堂”。这23年中，他留下了一大批作品，在身后由家人结集镌版，是为《赐闲堂集》。书中诗文内容涉及的各方面很广泛，但是一有机会，对往事的回忆和感慨总是自然地在笔下流露。"诗文中有不少暧昧、隐晦甚至前后矛盾的地方，然而我们并不能草率地认为他的著作有意欺人。

自古以来，治理黄河就是我们帝国的一大难题。由于河水流经黄土高原，疏松的黄土随着河水顺流而下，沉积于河床;河床过高，一旦遇到洪水，就极易冲决河堤，造成严重的水灾。每次决口，生命财产的损失均不可胜记。可是对于这一问题，中枢的唯一办法，就是责成总理河道的御史妥善处置。

1590年，本朝的一个被称为“方大醉"的下级军官，听到军士报称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独马冲到出事的地方。然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信力克已经下定了全面战争的决心，因为他的同盟并不团结，并不是每个部落都愿意放弃互市的利益而与本朝作战。

到了1585年，这一大案件才被彻底了结。于是此后有好几个月太平无事。到了1586年初，常洵出生，郑氏被册为皇贵妃，立储的争执已经肇始。但就在这前后，万历已经发现他想做的事情统统不能做到，于是他想励精图治的念头就一天天减退。

申时行是一个敏感的人，他具有窥测旁人心情的能力。他办事的原则基于对本朝政治制度的深刻了解。在这种特殊的制度之下，人君和人臣务必互相迁就互相让步。倘不如是，一方面坚持大义所在，丝毫不放松，则只有逼使对方采取消极态度。

多年之后，申时行辞职家居，追思往事，他既不埋怨皇上，也不自己。他在著作中只是提到了年轻人不知世务，轻举妄动，以致并得事情不可收拾。

当时的万历皇帝真是精神焕发、励精图治，对申先生提出的要求也全力以赴，极为难得。