MultiQC安装运行

一、查看Anaconda是否已安装

MultiQC是一个基于Python的模块,而Anaconda指的是一个开源的Python发行版本,其包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。
安装MultiQC前可先安装Anaconda,以达到安装MultiQC所需要的环境。

在已经安装Anaconda的情况下,安装MultiQC非常简单,直接在shell命令面板中输入以下命令:

 conda install -c bioconda multiqc

以上引自>https://www.jianshu.com/p/85da4dcc6020

因此,先查看虚拟机是否已经安装了Anaconda,输入命令:
ls
more Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
发现,Anaconda已安装:
查看conda:
conda --version

说明conda已安装。

二、MultiQC的安装

输入命令:
conda install -c bioconda multiqc    # install multiqc

(等待...)

错误:安装环境有问题
03-02.JPG
目前没有解决。。

三、MultiQC运行

fastqc文件上传至Seqs目录下

运行直接指定MultiQC要分析的文件路径,若数据在当前目录下,直接输入multiqc .

multiqc .
multiqc data/
multiqc data/ ../proj_one/analysis/ /tmp/results
multiqc data/*_fastqc.zip
multiqc data/sample_1*
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