由于 xuzhougeng 最近更新了clusterProfiler中的拟南芥注释信息，这个包又确实好用，所以想办法安装，期间遇到了很多问题，现在也算是顺利安装上了，记录一下。
- 根据Xu在Github上的代码安装说明，首先在Windows上安装了Git，很简单，官网直接下载安装即可，参考廖雪峰的官方网站
- 打开Git bash，运行命令行
cd D:/
git clone https://github.com/xuzhougeng/org.At.tair.db.git
cd org.At.tair.db
- 根据安装说明，本应该是直接命令行安装
Rscript org.At.tair.db.R
但是，我的R有很多包没有安装，会出现报错，所以在R studio中打开org.At.tair.db.R 一步步先安装包，再运行脚本
- 安装所需的R包，安装环境R-3.4.3（用新更新的R-3.6.0安装报错，就换了这个旧版本）
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("RSQLite")
> biocLite("AnnotationForge")
> library(RSQLite)
Error: package or namespace load failed for ‘RSQLite’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘digest’这个名字的程辑包
In addition: Warning message:
程辑包‘RSQLite’是用R版本3.4.4 来建造的
> biocLite("digest")
> library(RSQLite)
> library(AnnotationForge)
- 遭遇了一些失败以后，终于安装了这两个包，可以依次运行Xu接下来的代码了，但是我之前安装的时候会遇到报错
报错发生在这个命令之后：
> makeOrgPackage(go=go_df,
pub_info = pub_df,
symbol_info = symbol_df,
function_info = func_df,
version = "0.1",
maintainer = "xuzhougeng <xuzhougeng@163.com>",
author="xuzhogueng <xuzhougeng@163.com>",
outputDir = file_path,
tax_id = "3702",
genus = "At",
species = "tair10",
goTable = "go"
)
运行最后报错提示
经高人指点，发现错误原因，将原本的代码：
func_df$SHORT_DESCRIPTION <- ifelse(nchar(func_df$SHORT_DESCRIPTION) == 0,
NA, func_df$SHORT_DESCRIPTION)
修改为：
func_df$SHORT_DESCRIPTION <- ifelse(nchar(func_df$SHORT_DESCRIPTION) == 0,
"NULL", func_df$SHORT_DESCRIPTION)
重新运行后，成功安装啦！！！
PS：其实呢，用R-3.6.0的环境，也安装成功了，之前报错这样的，无法使用RSQLite连接到数据库：
makeOrgPackage()时报错
经过网上查看发现，可能是因为没有权限，所以重新以管理员身份运行Rstudio，顺利的也就安装好了！！！开心！！！
