超快超省事!统计 Fasta 文件/序列相关信息

写在前面

我经常使用一个不起眼的功能,Fasta Stat。但从未写过相关推送。主要是其使用过于简单,只要把 Fasta 序列文件放进去,点击 Start 就可以了。早上起来,突然想起了这一功能,并增加了一个相对高频的需求快捷完成选项。既然这一功能是我高频使用,那么相信他就跟序列提取功能类似。虽然不起眼,虽然是小功能,但是很实用,甚至或者是最能节约数据分析时间。
于是索性也写一个帖子

快速统计 Fasta 文件/序列 的相关信息

在日常分析中,我们常常手上会有一个 Fasta 序列文件,文件可能很小,数十 Kb,也可能很大 数十 Gb。当然,可以使用 TBtools 的 Big File View 进行快速浏览。更多时候,我们想要知道的或许是:

  1. 有多少个序列?
  2. 序列长度分布几何?比如 N50
  3. 序列 GC 含量几何?
  4. 如果是组装结果,Gaps 情况如何?
    ......

于是,你打开了 TBtools

于是看到

输入界面简单

可以看到,上述操作可以快速获得序列文件概览

获取每一个序列的统计信息

有些时候 ,我们不仅仅想要知道序列文件整体情况,我们还想知道其中每条序列的长度,GC含量等等
于是操作起来也很简单,只需要设置一个输出文件就可以

便捷操作有二

直接输出序列长度信息。事实上,这个功能比较常用,比如一些FPKM/RPKM的计算,比如Basic BioSequences View等序列结构可视化功能等。
此时只需要补充勾选Keep Only Sequence Length即可。于是上述输出文件会变成,


超快,超方便~

快速查看几/一个序列的情况。有时候,我们手上会有一个或几个序列,会想要快速查看其大体情况,比如长度。那么,直接切换输入选项到 Seq Input 即可。

写在后面

Emmm... 功能整体就这么简单。其实我甚至认为,不需要这个推文,每个人看到 这个功能也知道怎么使用。当然,这是我个人写 TBtools 时一直期望。
真正优秀的界面化工具,应该是一打开就会使用,而无需Manual
不过,这有可能吗?哈哈。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 216,470评论 6 501
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 92,393评论 3 392
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 162,577评论 0 353
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,176评论 1 292
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,189评论 6 388
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,155评论 1 299
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,041评论 3 418
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,903评论 0 274
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,319评论 1 310
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,539评论 2 332
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,703评论 1 348
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,417评论 5 343
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 41,013评论 3 325
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,664评论 0 22
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,818评论 1 269
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,711评论 2 368
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,601评论 2 353