自学生物信息学~进化树的学习(第一天)

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本科是生物技术,研究生是病原生物学,血吸虫免疫方向,博士仍然是病原生物学,血吸虫遗传发育。虽然都有着血吸虫的大背景,但是相差太大了。我是小白,我不怕!

首先进入到课题组之后,师兄师姐师弟师妹都是大拿,我从没有见过的的引物设计、blast、进化树、Linux、R、、、、、、,需要开始学起来了。

第一磅:进化树的学习,我写的比较细,想把我学的,都能拿出来,以“shh”基因为例:
1、打开NCBI的HomoloGene,输入shh

3、点击左上角的download

4、点击下载

8、下载比对结果点击download

9、打开MEGA7

10、创建一个文档

11、打开下载的比对序列

12、点击Alignment –Align by ClustalW ,选择所有序列,出现下图,参数根据需求修改,在这我们就直接选择默认,点击ok。

13、点击Data –Phylogenetic Analysis,选择MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(邻接法)

14、进化树就出来了

进化树结束了,但是后续需要多个进化树的读取的学习,希望大家可以后期交流一下。

进化树结束了,但是后续需要多个进化树的读取的学习,希望大家可以后期交流一下。

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