大家应该都用过MUSCLE 或者clustalw，还有一个好用的软件叫mafft，速度快

第一步，下载：

先在官网下载rmp文件，我们的服务器64位版本的

For 64bit x86

mafft-7.245-gcc_fc6.x86_64.rpm(built on kernel 2.6)

This version uses at most x2 memory space in comparison with previous versions.  If it stops due to memory shortage, try version 7.221.

mafft-7.221-gcc_fc6.x86_64.rpm(built on kernel 2.6)

For 32bit x86

mafft-7.221-fc6.i386.rpm(built on kernel 2.6)

Root privileges are necessary.

第二步，安装：

先安装rmp：     sudo su apt-get install rpm

安装，mafft

su -Password:*********#

rpm -Uvh mafft-x.xx-xxx.xxx.rpm#exit%rehash(if necessary)

Usage使用方法:

mafft input.fasta >output.fasta