GATK是生信行业内核心工具之一，目前版本已经更新到4.2以上。GATK4和GATK3相比，用法有较大变化，因为做生产追求稳定，比较忌讳频繁的变动，相信还有不少人依旧在使用GATK3（这不是懒，绝对不是）。
GATK3.8作为GATK3最后的稳定版本，基本可以满足绝大部分需求。在使用GATK3.8.0的过程中，我发现有时候会有进程卡住的情况，明明这台服务器运行没有问题，换另外一台服务器就是运行不出结果，连中间文件和日志都没有产生，起初我一度认为是服务器自身原因。
经过多方查询发现这是GATK3.8.0的版本bug，其依赖的GKL(Genomics Kernel Library), 主要用于运行前检查CPU是否兼容AVX指令集, 在GATK3.8.0中，使用的GKL版本是v0.5.5，该版本仅在部分CentOS系统下测试过, 对于高内核版本CentOS会hang(挂起或者卡住)，导致GATK无法执行下一步任务，而且没有任何日志和报错信息，导致问题排查困难。
从官方的更新日志上来看，这个问题在发生后，官方一直在更新GKL的版本。
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2017年11月，官方又发布了一个小版本: GATK3.8.1，解决了这个问题。鉴于官网已经下载不到GATK3系列的版本，我在此提供一个GATK3.8.1打包好的jar包下载链接，希望给有需求的人能提供些帮助。
链接：https://pan.baidu.com/s/1ZIDdxKU85vETc61sXcbkPw
提取码：jvlb
