一、安装java环境

已经安装好了

需要权限

二、fastqc安装

cd ~/Biosofts #进入目录

进入目录

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip #通过链接下载

复制链接获取压缩包

mkdir ~/Biosofts/fastqc #创建文件夹

unzip /disk1/shares/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/ #解压

解压

chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc #chmod +x就是赋予用户文件的执行权限

~/Biosofts/FastQC/fastqc -h #查看

查看

echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc #加入环境变量

加入环境变量，不用再输入路径

source ~/.bashrc #激活改变后的环境变量

重新执行环境变量

fastqc -h #查看

查看

三、fastqc评价测试数据质量

fastqc /disk1/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R2_001.fastq.gz -o ~

查看

四、multiqc整合多个质控结果

conda create --name python2 python=2.7 -c

代码未输入完整，错误

conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y

结果出错，找不到，---原因可能是未启动conda

解决问题：

conda #查看conda

查看

conda env list #查看conda的环境变量

显示我有两个环境变量，相当于两个房间，而我需要的是python2

conda activate python2 #激活python2

出现问题，根据提示输入命令

conda init bash

conda activate python2 #再次尝试激活

失败，根据建议，需要重启

exit #重新进入服务器

重新登录

conda activate python2 #再次激活python2

成功激活，当目录前显示（python2）时，表明成功

conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

输入y

multiqc .

cd Biosofts #进入目录

ls #查看文件

（1）.在服务器查看文件

less multiqc_report.html #查看文件内容

按q退出

（2）.在Windows查看

先拖拽下载到桌面上，再点击打开查看

二、安装seqtk

# sudo apt-get install seqtk

已经安装好了，不需要重新安装

代码输入错误，查找不到文件

gunzip -c /disk1/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R1_001.fastq.gz |seqtk sample -s 60 - 500 >test500.fq

解压

wc -l test500.fq

less test500.fq

一

按q退出

三、Trimmomatic安装运行

# wget http://www.usadellab.org/cms/uplo ads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip

已经下载好了，不需要重复下载

unzip /disk1/shares/Trimmomatic-0.38.zip -d ~/Biosofts/

解压安装

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

运行结果：202031107010217@xiaoming-HP:~$ unzip /disk1/shares/Trimmomatic-0.38.zip -d ~/Biosofts/

Archive: /disk1/shares/Trimmomatic-0.38.zip

creating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/

inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/LICENSE

inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

creating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/

inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/NexteraPE-PE.fa

inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa

inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-SE.fa

inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-PE-2.fa

inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-PE.fa

inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-SE.fa

202031107010217@xiaoming-HP:~$ java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

Usage:

PE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] [-validatePairs] [-basein <inputBase> | <inputFile1> <inputFile2>] [-baseout <outputBase> | <outputFile1P> <outputFile1U> <outputFile2P> <outputFile2U>] <trimmer1>...

or:

SE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] <inputFile> <outputFile> <trimmer1>...

or:

-version

202031107010217@xiaoming-HP:~$

运行结果

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 /disk/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz ./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trim_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/disk/teaching/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75