2022-09-20----Fastqc安装运行

一、安装java环境

已经安装好了

需要权限

二、fastqc安装

cd ~/Biosofts #进入目录

进入目录

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip #通过链接下载

复制链接获取压缩包

mkdir ~/Biosofts/fastqc #创建文件夹

unzip /disk1/shares/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/ #解压

解压

chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc #chmod +x就是赋予用户文件的执行权限

~/Biosofts/FastQC/fastqc -h #查看

查看

echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc #加入环境变量

加入环境变量,不用再输入路径

source ~/.bashrc #激活改变后的环境变量

重新执行环境变量

fastqc -h #查看


查看

三、fastqc评价测试数据质量

fastqc /disk1/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R2_001.fastq.gz -o ~


查看


四、multiqc整合多个质控结果

conda create --name python2 python=2.7 -c

代码未输入完整,错误

conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y

结果出错,找不到,---原因可能是未启动conda

解决问题:

conda #查看conda

查看

conda env list #查看conda的环境变量

显示我有两个环境变量,相当于两个房间,而我需要的是python2

conda activate python2  #激活python2

出现问题,根据提示输入命令

conda init bash

conda activate python2 #再次尝试激活

失败,根据建议,需要重启

exit  #重新进入服务器

重新登录

conda activate python2  #再次激活python2

成功激活,当目录前显示(python2)时,表明成功

conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda


输入y

multiqc .


cd Biosofts  #进入目录

ls #查看文件


(1).在服务器查看文件

less multiqc_report.html #查看文件内容

按q退出

(2).在Windows查看

先拖拽下载到桌面上,再点击打开查看

二、安装seqtk

# sudo apt-get install seqtk

已经安装好了,不需要重新安装

代码输入错误,查找不到文件

gunzip -c /disk1/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R1_001.fastq.gz |seqtk sample -s 60 - 500 >test500.fq

解压

wc -l test500.fq

less test500.fq

按q退出

三、Trimmomatic安装运行

# wget http://www.usadellab.org/cms/uplo ads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip

已经下载好了,不需要重复下载

unzip /disk1/shares/Trimmomatic-0.38.zip -d ~/Biosofts/

解压安装

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

运行结果:202031107010217@xiaoming-HP:~$ unzip /disk1/shares/Trimmomatic-0.38.zip -d ~/Biosofts/

Archive:  /disk1/shares/Trimmomatic-0.38.zip

  creating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/

  inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/LICENSE

  inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

  creating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/

  inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/NexteraPE-PE.fa

  inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa

  inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-SE.fa

  inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-PE-2.fa

  inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-PE.fa

  inflating: /disk1/202031107010217/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-SE.fa

202031107010217@xiaoming-HP:~$ java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

Usage:

      PE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] [-validatePairs] [-basein <inputBase> | <inputFile1> <inputFile2>] [-baseout <outputBase> | <outputFile1P> <outputFile1U> <outputFile2P> <outputFile2U>] <trimmer1>...

  or:

      SE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] <inputFile> <outputFile> <trimmer1>...

  or:

      -version

202031107010217@xiaoming-HP:~$

运行结果

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 /disk/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz ./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trim_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/disk/teaching/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75

把ILLUMINACLIP后的路径换为自己的,用相对路径就出错了

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

再次运行,查看质量

less ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar #查看文件

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