找论文的时候偶然发现的这本参考书，个人感觉内容还挺丰富的，在这里推荐给大家 书名是 《Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition
我看了下是2022年出的 是最新的一版，全书总共28章
- 第一章
Using GenBank and SRA
介绍了genbank和sra数据库的一些内容
- 第二章
Scripting Analyses of Genomes in Ensembl Plants
主要介绍了Ensembl Plants这个植物基因组数据库的一些内容
- 第三章
CyVerse for Reproducible Research: RNA-Seq Analysis
这个CyVerse我试用了一下，我的理解就是类似于一个云平台，安装好了各种生信工具，我们可以直接上传数据进行分析。需要用教育邮箱注册，注册好以后有100G的空间可以使用。这一章是提供了一个转录组数据处理的一个例子。我试了第一步，从ncbi下载sra格式的数据。全程就是点点点，还挺方便的。
- 第四章
Doing Genetic and Genomic Biology Using the Legume Information System and Associated Resources
这一章可能是介绍和豆科植物相关的一些资源工具的，这一章我还没有看
- 第五章
Gramene: A Resource for Comparative Analysis of Plants Genomes and Pathways
主要介绍了Gramene这个在线平台。这个平台我还是第一次听说，有时间仔细看看有什么功能
- 第六章
CerealsDB: A Whistle-Stop Tour of an Open Access SNP Resource
谷物类作物的一个基因组数据库吧
- 第七章
The Barley and Wheat Pan-Genomes
大麦小麦的一些泛基因组的研究情况
- 第八章
Basics of Bash
linux操作系统的一些基础命令
- 第九章
Pipeline Automation via Snakemake
snakemake 是用来搭建生信数据分析流程的，基于python
- 第十章
SciApps: An Automated Platform for Processing and Distribution of Plant Genomics Data
SciApps 我的理解是云平台，内置了很多分析软件，有时间好好研究一下这个，好像需要借助第三章CyVerse这个工具的存储空间
- 第十一章
Trimming and Validation of Illumina Short Reads Using Trimmomatic, Trinity Assembly, and Assessment of RNA-Seq Data
转录组数据分析
- 第十二章
De Novo Assembly of Linked Reads Using Supernova 2.0
基因组组装相关，还没有仔细看
- 第十三章
Applications of Optical Mapping for Plant Genome Assembly and Structural Variation Detection
光学图谱基因组组装和结构变异检测
- 第十四章
Making a Pangenome Using the Iterative Mapping Approach
泛基因组相关
- 第十五章
Construction of Practical Haplotype Graph (PHG) with the Whole-Genome Sequence Data
单倍型基因组组装
- 第十六章
Visualization Tools for Genomic Conservation
基因组共线性分析可视化的工具
- 第十七章
Annotation of Protein-Coding Genes in Plant Genomes
植物基因组蛋白编码基因注释
- 第十八章
Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
基因组中的重复序列
- 第十九章
Gene Co-expression Network Analysis
基因共表达网络，这一章写的不是很细致
- 第二十章
Skim-Based Genotyping by Sequencing Using a Double Haploid Population to Call SNPs, Infer Gene Conversions, and Improve Genome Assemblies
这个标题我还没看出来是啥意思
- 第二十一章
Managing High-Density Genotyping Data with Gigwa
介绍Gigwa这个工具。应该仔细看看
- 第二十二章
Machine Learning for Image Analysis: Leaf Disease Segmentation
机器学习相关，利用图片数据检测病虫害 现在做这方面好像很火爆
- 第二十三章
Analysis of Bisulfite Sequencing Data Using Bismark and DMRcaller to Identify Differentially Methylated Regions
甲基化数据分析相关
- 第二十四章
Long Intergenic Noncoding RNA (lincRNA) Discovery from Non-Strand-Specific RNA-Seq Data
长链非编码RNA
- 第二十五章
Linkage Disequilibrium Statistics and Block Visualization
连锁不平衡分析和数据可视化
- 第二十六章
Analysis of Small RNA Sequencing Data in Plants
植物小RNA数据分析
- 第二十七章
Plant Reactome and PubChem: The Plant Pathway and (Bio)Chemical Entity Knowledgebases
这个之前还没有接触过
- 第二十八章
AgroLD: A Knowledge Graph Database for Plant Functional Genomics
这个也没有看懂是什么意思 有时间仔细看看
这本书的pdf版本在网上直接检索书名应该可以找到。
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