RT-qPCR引物设计(含mRNA+lncRNA)

方法

  1. 从文献中获取+NCBI Primer Blast(用的少,需要找到靠谱的文献,其次还要平时积累才行,主要适用于特定生物学过程maker gene panel的RT-qPCR验证,eg:纤维化、炎症等)
  2. NCBI gene+Primerbank+NCBI Primer Blast(最方便的方法,且很多引物都有validation溶解曲线的结果,靠谱~,但貌似只有mRNA的,没有lncRNA的;即使靠谱,仍然需要blast验证!本人已经发现几个网站设计的引物特异性不好的例子)
  3. NCBI gene+Primer3plus自主设计+NCBI Primer Blast
  4. 直接用NCBI Pick primer设计引物(B站视频)(其实也是用的Primer3)

一个好的qPCR引物对,设计时需要具备什么特性?(B站视频)
手把手教你设计RT-PCR引物,以及引物设计时的注意事项(B站视频)

一定要blast检查引物特异性!尤其是自己设计的,有些引物的特异性不好。

NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI Primer Blast: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast
Primerbank: https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
Primer3Plus: https://www.primer3plus.com/

方法2

先在NCBI gene里检索基因名得到ncbi gene ID,再到Primerbank内检索引物,注意区分人和小鼠,优先选择有验证结果的引物(绿色高亮)。

方法3

先在NCBI gene里检索基因名,选择目标物种点开,下拉找到NM_(mRNA)或NR_(lncRNA)开头的链接,进去后点击CDS(mRNA)(lncRNA这里好像就不适用了),复制碱基序列,粘贴至Primer3Plus,修改引物长度18-25bp,GC% 40%-60%,product size改为80-150bp,其余不修改,点击“pick primers”,得到结果后进行blast验证。

方法4

先在NCBI gene里检索基因名,选择目标物种点开,下拉找到以NM_(mRNA)或NR_(lncRNA)开头命名处,点击这串accession号,进去后右侧栏内点击“Pick primers”,跳转至Primer blast界面,依次修改:product size(70-200 bp),退火温度(59-62-65℃),Database(mRNA选Refseq mRNA;lncRNA选Refseq RNA),是否跨外显子或内含子(两者意义不同,跨外显子是指一条引物会横跨两个相邻外显子的连接处,而跨内含子是指product片段跨区),Advanced参数里修改引物长度18-25,GC% 40%-60%。检查物种是否正确(一般点pick primer进来,系统会自动补充正确的物种,因为在选择gene那一块已经选择过物种了,只有在对已有引物进行blast的时候需要自己选择物种,此时需注意核对。)。

基本原则

  • 引物长度 18-25bp
  • GC% 50-60%
  • 退火温度 60℃左右(59-65,62度最佳)
  • 产物长度 80-150bp(70-200bp,150最佳)
  • Database(mRNA选Refseq mRNA;lncRNA选Refseq RNA)
引物长度 18-27bp

一般了解即可,主要还是靠软件/网页设计

GC% 40%-60%

PCR产物长度存疑,莫非这是在说普通PCR?

如何知道自己设计或得到的引物是否跨外显子?Blast可以看图得知(需要同时输入引物对序列和参考模板序列,即对应RNA的accession号)

PCR产物长度究竟多少合适?有说200-800的,有说80-200的(Primerbank的也都是100多左右的Product size)?要注意普通PCR和qPCR的区别:
普通PCR和qPCR的区别

用Primer Blast设计lncRNA的时候如何选择跨外显子?貌似不行啊


lncRNA引物设计无法选择跨外显子/内含子

解决方案1:自己根据外显子位置,限定引物区域。(Range不可填“0”,可以填“1”)


限定引物区间

限定引物区间

待解决的疑问

Blast时如何判断是否特异?(有时候会出现blast到其他基因的情况,但product size较大,多大bp就基本可以认为P不出来或者效率很低以至于可以忽略不计?how about 795bp?)

对于mRNA而言,如果设计的引物不全是在CDS区会有影响吗(即product片段只有部分以CDS为模板)?是否一定要CDS区?

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